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Originalmente conocido como Yama'at al-Tawhid wal-Yihad, surgió como una organización terrorista próxima a Al Qaeda para hacer frente a la Invasión de Irak de 2003, siendo dirigida por Abu Musab al Zarqaui. Tras su muerte, el nuevo líder, Rashid al-Baghdadi, bajo la tutela de Osama bin Laden, se expandió por las gobernaciones de Ambar, Nínive, Kirkuk y en gran parte de Saladino, así como en menormedida Babilonia, Diala y Bagdad. Durante este tiempo se proclamó como Estado Islámico de Irak, y su cuartel general se encontraba en la ciudad de Baquba.Originalmente conocido como Yama'at al-Tawhid wal-Yihad, surgió como una organización terrorista próxima a Al Qaeda para hacer frente a la Invasión de Irak de 2003, siendo dirigida por Abu Musab al Zarqaui. Tras su muerte, el nuevo líder, Rashidal-Baghdadi, bajo la tutela de Osama bin Laden, se expandió por las gobernaciones de Ambar, Nínive, Kirkuk y en gran parte de Saladino, así como en menor medida Babilonia, Diala y Bagdad. Durante este tiempo se proclamó como Estado Islámico de Irak, y su cuartel general se encontraba en la ciudad de Baquba.orzando la participación de Israel.34 Así pues, se llevaron ataques en otros países, comoen Egipto, donde se mataron a 88 personas en 2005 en el atentado de Sharm el-Sheij.

En enero de 2006, Al Qaeda creó una organización paraguas, el Consejo de la Shura de los Muyahidines, para intentar unificar a todos los insurgentes suníes de Irak. Sin embargo, sus tácticas violentas y su fundamentalismo extremo hicieron que el plan fracasara.35 A pesar de ello la organización creció y congregóa miles de combatientes, lo que le permitió llevar a cabo decenas de atentados terroristas, llegando incluso a atacar al Parlamento.36

Ante esta situación, Estados Unidos intentó eliminar y capturar a varios de sus miembros, incluyendo al propio Zarqawi, muerto el 7 de junio de 2006. El liderazgo del grupo fue asumido directamente por un líder de Al Qaeda, Abu Ayyub al-Masri,37 38 quién mástarde declararía el Estado Islámico de Irak,39 poniendo al cargo de éste a Abu Abdullah al-Rashid al-Baghdadi.
Dependencia indirecta de Al-Qaeda: Estado Islámico de Irak (2006–2013)
Un soldado estadounidense en Buhriz, durante la ofensiva contra el ISI en Diyala.

El Estado Islámico de Irak de Abu Abdullah al-Rashid al-Baghdadi estaba bajo la tutela de Al-Masri, jefe de Al Qaeda en Irak, peroformalmente era independiente. De hecho, el 19 de abril de 2007, la organización anunció la creación un gobierno provisional. El autoproclomado "emirato" fue dirigido por el propio Baghdadi y un grupo de 10 "ministros".40

A finales de 2007, los violentos e indiscriminados ataques llevados a cabo por los miembros del grupo contra civiles iraquíes daño gravamente su imagen y le supuso la pérdida delapoyo entre la población. Ante esta situación, muchos antiguos miembros suníes del grupo se unieron a las fuerzas de EE. UU., lo que les dio la oportunidad de detener y matar a varios miembros de Al Qaeda.41 42

En 2008, una serie de ofensivas de Irak y EE. UU. lograron expulsar al grupo de sus antiguos refugios en las Gobernaciones de Diyala (Batalla de Baquba) y Al Anbar y en Bagdad, forzandosu retirada hasta Mosul (Gobernación de Nínive), el último gran campo de batalla de la guerra.43 La lucha por el control de Nínive fue lanzada en enero de 2008 como parte de la llamada Operación Fénix Fantasma, con el objetivo de eliminar la actividad del grupo alrededor de Mosul y terminar de expulsarlo del centro de Irak.

Al-Qaeda en Irak logró sobrevivir recaudando dinero a través deactividades como secuestros, robos de coches y asaltos a camiones cargados de petróleo.43 Además, desde 2007 empezó a demandar impuestos a los no musulmanes (yizia) y matando a miembros de las familias ricas que no pagaban.44 De acuerdo a las fuentes de inteligencia de EE. UU., el grupo había evolucionado a una especie de "banda criminal mafiosa".43

En 2010 la organización recibió el golpe de...