structurama

Universidad de las Fuerzas Armadas – ESPE
Departamento de Ciencias de la Vida
Ingeniería en Biotecnología
Genética
Nombres:

Burgos Carlos
Lucio Sofía
Mancheno Pablo

Fecha: 2015-08-08
NRC: 1318Presentación Tercera Unidad
Tema: Programa de Análisis Genético
“STRUCTURAMA”
Introducción
Es un programa para inferir la estructura poblacional a partir de datos genéticos. El
programa supone que losloci muestreados están en relación de equilibrio y que las
frecuencias alélicas para cada población provienen de una distribución de probabilidad de
Dirichlet. El método implementa dos modelos diferentespara analizar la estructura de la
población. En primer lugar, Structurama implementa un método en el que se considera fijo
el número de poblaciones. El programa también permite que el número de laspoblaciones
sea una variable aleatoria siguiendo antes una distribución de Dirichlet (Pella y Masuda,
2006; Huelsenbeck y Andolfatto, 2007). Es importante destacar que, el programa puede
estimar elnúmero de poblaciones en el marco del proceso de Dirichlet. Mientras el proceso
Markov cadena de Monte Carlo (MCMC) se utiliza para aproximar la probabilidad posterior
de que los individuos son asignadosa poblaciones específicas. Structurama también
permite inferir los resultados de individuos al mezclarse. Implementa una serie de métodos
para resumir los resultados de un análisis bayesiano MCMC deestructura de la población.
Lo más interesante es que el programa encuentra la partición media, una partición de
individuos entre las poblaciones que minimiza la distancia al cuadrado de lasparticiones en
la muestra Pritchard et al. (2000).

Fig 1: Logo de Structurama
Fuente: http://cteg.berkeley.edu/~structurama/index.html
Modo de uso:
Para un análisis típico se dispondría de los siguientespasos:
1.
2.
3.
4.
5.

Entrada de datos en un archivo.
Lectura de los datos en la memoria del ordenador.
Ajuste del modelo para el análisis.
Ejecución de la cadena de Markov mediante análisis Monte...