tarea 1

Páginas a consultar:

http://microbes.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway?db=pyrFur2
http://link.springer.com/article/10.1007%2FBF00413027?LI=true


Sobre el Pyrococcus furiosus febrero 2002 (pyrFur2) montaje (secuencias)




 
Información de Especies
El Pyrococcus furiosus DSM 3638 genoma es de 1,91 millones de pares de bases y contiene aproximadamente 2228 genes predichos. P. furiosus seaisló de una profunda solfatara marina en Isla de Vulcano costas del sur de Italia. Los ceils son fermentativo, reductoras de azufre, cocos flagelado con una temperatura máxima de crecimiento de crecimiento 103C y óptima a 100C. Los tiempos de generación de 35 densidades min y la célula de más de 10 ^ 10 células / ml se han reportado. Debido a que es capaz de crecer a altas densidades celulares, yen ausencia de azufre elemental, se ha vuelto una fuente preferida de enzimas altamente termoestables ( parcialmente extraído de Robb et al. referencia a continuación ).
Taxonomía: Archaea, Euryarchaeota; Thermococci; Thermococcales; Thermococcaceae; Pyrococcus.
Secuenciación: La secuencia fue lanzado 12 de febrero 2002 por el Centro de Utah Genoma, y se describe en Methods Enzymol 330 :134-57(2001) Robb FT, Maeder DL, Brown JR, DiRuggiero J, Stump MD, et al . " Secuencia genómica de hyperthermophile, furiosus Pyrococcus: implicaciones para la fisiología y la enzimología. "
Resumen:
Aislamiento: No PubMed Abstract
Secuenciado especies / cepas relacionadas: Pyrococcus NA2, abyssi Pyrococcus, horikoshii Pyrococcus, yayanosii Pyrococcus, Thermococcus 4557, barophilus Thermococcus,gammatolerans Thermococcus, kodakaraensis Thermococcus, onnurineus Thermococcus, Thermococcus sibiricus
Navegar específicos Gene / Conjuntos de funciones
NCBI codificación de proteínas-genes
Loci previamente secuenciados / estudio
Pfam dominios de la proteína
Anotado genes de ARN
tRNAscan-SE tRNAs
Rfam ncRNAs
Loci CRISPR

Consultas de ejemplo de posición
Una posición del genoma puede serespecificado por el rango de coordenadas cromosómico, COGID, o palabras clave a partir de la descripción GenBank o TIGR de un gen. Los disponibles cromosómicas / plásmido nombres son:
Navegador Chrom / Nombre del plásmido
Longitud (bp)
GC Contenido (%)
Gene Conde
NCBI RefSeq adhesión
Comisión de Derechos Humanos
1908256
40,77
2228
NC_003413
La siguiente lista muestra ejemplos de consultasde posición válidos para thisgenome: 
Solicitud:
Genoma Respuesta del navegador:
Comisión de Derechos Humanos
Muestra toda la secuencia "CHR" en la ventana del navegador
CHR :1-10000    
Muestra primeros diez mil bases de la secuencia "CHR"
transportador    
Lista todos los genes con "transportador" en el nombre o la descripción
PF0010
Muestra genoma en la posición de gen PF0010
Árbolfilogenético de las especies relacionadas basadas en múltiples alineación del genoma en el navegador:


Créditos
Los navegadores genoma Arqueales en la UCSC fueron desarrolladas por miembros del Laboratorio de Lowe (Kevin Schneider, Katherine Pollard, Andy Pohl, Todd Lowe) y Baertsch Robert, con un importante apoyo fromthe grupo GenomeBrowser UCSC humanos . Las Navegadores Arqueales están acargo de un modifiedversion un poco de la UCSC GenomeBrowser Humanos sistema. Todas las consultas, informes de errores, correcciones de contenido, mejoras sugeridas y nuevas presentaciones de datos de pista deben ser enviados a Todd Lowe (lowe@soe.ucsc.edu).
Si utiliza el navegador en su investigación publicada, por favor cite ourpublication en la Nucleic Acids Research DatabaseIssue. Citaciones yretroalimentación positiva nos ayudará a obtener fundingto continuar con el desarrollo de este recurso en la comunidad.

Pyrococcus furiosus
Michelle Kropf
El furiosus Pyrococcus fue descubierto por Karl Stetter en 1986 fuera de Italia. Es una bacteria Archaea hyperthermophilic que crece en un sorprendente 100 ° C, con un rango entre 70 ° C y 103 ° C. De manera óptima su pH es de 7 a, pero...