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La función principal del ácido araquidónico en las membranas, es actuar como molécula señalizadora, por si sola o por medio de su conversión a otras moléculas llamadaseicosanoides. La familia de eicosanaides incluye las prostaglandinas, leucotrienos y tromboxanos, que son moléculas pro inflamatorias.
Debido a que el ácido araquidónico promueve elestado de inflamación, es que se ha considerado potencialmente dañino.
La inflamación es un proceso necesario, ya que es una de las defensas del sistema inmune contra sustanciasinvasoras, incluyendo bacterias, virus y químicos dañinos. El problema es que es una respuesta muy poderosa y "no específica", lo cual significa que no se da directamente hacia uninvasor, sino que consiste en cambios que pueden afectar todo el organismo. Se puede percibir en la superficie del cuerpo por rubor, calor, edema y dolor, localizados en el áreaafectada, o puede ocurrir internamente sin ser perceptible. Por ser tan poderosa y potencialmente destructiva debe permanecer donde se necesita y terminarse cuando se ha logradocombatir el problema original. Los problemas surgen cuando permanece y deja de ser temporal, protectora y localizada, a ser una condición crónica y dañina. El estado deinflamación crónico es lo que favorece la obesidad, enfermedad cardiovascular, diabetes, hipertensión e incluso cáncer.
Por lo dañino que es el estado inflamatorio es que se ha consideradoque un exceso de ácido araquidónico, puede ser negativo para la salud. En general un exceso puede promover la inflamación, inmunosupresión y agregación plaquetaria(coagulación). Esto en contraste con los omega-3, considerados positivos ante el ácido araquidónico, ya que mas bien protegen contra la inflamación y disminuyen la agregación plaquetaria.