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Cada Pingüino Emperador, al volver desde zonas de más al norte a su zona de crianza en la Antártida, busca a su pareja del año anterior, y sólo en caso que no puedaencontrarla (normalmente por lamuerte de ésta), elegirá a otra pareja. Si un macho trata de juntarse con una hembra que aún no ha encontrado a su pareja del año anterior, y ésta llega luego, el intrusoinmediatamente se va enbusca de otra hembra solitaria. Aunque ambos pingüinos sean pareja de años, al encontrarse nuevamente no se aparean inmediatamente, sino tienen una etapa previa de cortejo.Las colonias denidificación se forman tempranamente antes de la llegada del invierno. Cada pareja busca un lugar apropiado en donde, sin nido ni preparación especial, coloca su único huevo. Esto ocurrealrededor de Mayo oJunio, al comienzo del crudo invierno antártico; en donde las oscuras noches llegan a durar más de 20 horas. El huevo es traspasado por la hembra inmediatamente al macho quien locoloca sobre laspatas para evitar el contacto con el frio suelo, siendo tapado completamente con las plumas del abdomen. La hembra regresa al mar para alimentarse. Debido al rigor de la época decrianza, el padrellega a perder hasta la mitad de su peso. Por este motivo, como el gasto de energía es enorme sólo pueden criar un polluelo; y una de las formas de ahorrar energía es que el macho puedepasar lamayor parte del día durmiendo mientras incuba y ayuna por cerca de dos meses. Los lugares de cría no solo están cerca del mar, sino que pueden llegar a internarse hasta 90 kms. hacia elinterior delcontinente helado.
A principios de Septiembre nacen las crías muy hambrientas. Por esa época vuelven las hembras para relevar a sus compañeros mientras estos van al mar a alimentarse. Si alnacerel polluelo, la hembra aún no ha llegado, el macho regurgita una secreción blanca que sirve de alimento al polluelo. Cuando las crías de la colonia han crecido, se juntan en las denominadas