Taxonomía

1º UNIDAD DE
APRENDIZAJE
Generalidades

Taxonomía, nomenclatura y el Bergey’s Manual

La taxonomía es la ciencia de la clasificación y está constituida por dos subdisciplinas principales, la identificación y la nomenclatura. Es esencial distinguir entre taxonomía bacteriana y la filogenia bacteriana. Ya que ambos términos hacen referencia a dos cosas distintas. De manera tradicional, lataxonomía bacteriana se ha basado en el análisis fenotípico para la clasificación. En cambio, debido al pequeño tamaño de las bacterias y dado que su estructura aporta relativamente pocas pistas sobre sus raíces evolutivas. Las relaciones filogenéticos entre los procariotas se ha empezado ha conocer sólo a partir de los análisis genotípicos. Los análisis fenotípicos han tenido hasta ahora un papeldestacado en la identificación y clasificación, especialmente en situaciones prácticas en las que la identificación puede ser un fin en sí misma, por ejemplo, en el diagnóstico microbiológico clínico. No obstante, incluso en un campo como es la microbiología clínica. En los que los métodos tradicionales han dominado durante décadas, las técnicas genotípicas (por ejemplo, los sondas de ácidosnucleicos) se están imponiendo gracias a la sensibilidad, rapidez y especificidad de dichos métodos de identificación.

La clasificación y el concepto de especie
Dado de que los microbiólogos necesitan identificar y clasificar las bacterias por diferentes razones prácticas, la taxonomía bacteriana es aún una disciplina importante. En microbiología, la unidad taxonómica básica es la especie. Unaespecie puede ser definida de manera operativa como una colección de cepas similares que difieren lo suficiente de otros grupos de cepas para asegurar su reconocimiento como unidad taxonómica básica. Sin embargo, una especie procariotica puede definirse de manera más precisa a partir de las secuencias de rRNA. Aunque en microbiología no está todavía universalmente aceptado, se ha propuesto(apoyándose en un considerable trabajo experimental) que dos procariotas cuyo rRNA 16S tenga un 97% o más de secuencias idénticas es muy probable que pertenezcan a la misma especie.

Normalmente se define una especie a partir de la caracterización de varias cepas o clones. El uso de la palabra clon en este sentido puede tomarse como indicador de una población de células genéticamente idénticas derivadasde una sola célula. El concepto de especie es importante porque proporciona una identidad taxonómica formal a las colecciones de cepas. Los grupos de especies se reúnen en géneros. Por analogía a las especies, un género pueden definirse como una colección de especies distintas que comparten las propiedades principales que definen dicho género, pero difieren entre sí por la presencia o ausencia deotros caracteres normalmente menos significativos. Dos procariotas de géneros distintos mostrarán una mayor variación en la secuencia del RNA 16S que otros dos que pertenezcan a un mismo género. Pero todavía no se han propuesto todavía unas directrices que permitan distinguir un género de otro a partir del análisis de las secuencias de RNA 16S. Aunque los géneros se agrupan en familias, lasfamilias en órdenes, los órdenes en divisiones, etc hasta alcanzar el nivel taxonómico más alto, que es el dominio, la familia es el taxon superior que se emplea de manera rutinaria en estudios taxonómicos de procariotas.
Para poder identificar un organismo desconocido, es esencial que dicho organismo satisfaga todos los criterios taxonómicos de rangos que están por encima de la designación deespecie.

Por ejemplo:
Jerarquía taxonómica de la bacteria del azufre Chromatium warmingii

|División |Nombre |Propiedades |Confirmado por |
|Taxonómica | | | |
|Dominio |Bacteria...