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Dee nació en Tower Ward, Londres. Él era el único hijo de sus padres: Rowland, que fue un mercero y menor cortesano y Joan, que era la hija de William Wild.
 Era un hombre alto y delgado, muy justo y optimista, que llevaba un vestido como el vestido de un artista, con mangas colgantes, y una ranura, una larga barba tan blanco como la leche.
Dee asistió al Chelmsford Catholic School desde1535 (ahora King Edward VI Grammar School ), entonces - a partir de noviembre 1542 hasta 1546 - St. Colegio Juan , Cambridge. A finales del 1540, y a principios de la década de 1550, viajó por Europa, estudiando en Lovaina (1548) y Bruselas. Dio conferencias en París en Euclid . Estudió con Gemma Frisius y se convirtió en un amigo íntimo del cartógrafo Gerardus Mercator , regresando a Inglaterra conuna importante colección de instrumentos matemáticos y astronómicos
John Dee fue un notable matemático, astrónomo, astrólogo , ocultista, navegante, imperialista. Dedicó gran parte de su vida al estudio de la  alquimia , adivinación y la filosofía hermética . Dee era intensamente piadoso cristiano, pero su cristianismo estaba profundamente influido por la hermética y platónico - pitagóricasdoctrinas que eran omnipresentes en el Renacimiento. Él creyó que los números eran la base de todas las cosas y la clave para entender, toda la creación de Dios fue un acto de numeración.  Desde el hermetismo , señaló a la creencia de que el hombre tenía el potencial de la energía divina, y que creía que este poder divino podría ejercerse a través de las matemáticas. Su magia cabalística ángel (que erafuertemente numerológica) y su trabajo en matemáticas prácticas (navegación, por ejemplo) eran simplemente los extremos exaltado y mundano del mismo espectro. Su último objetivo era ayudar a dar a luz en una religión mundial unificada a través de la curación de la violación de los católicos y protestantes y las iglesias de la reconquista de la pura teología de los antiguos.
 Fue rectoren Upton-upon-Severn de 1553, Dee se le ofreció un número de lectores en matemáticas en Oxford en 1554, que se negó. Estaba ocupado con la escritura y quizás esperaba una mejor posición en la corte. En 1555, Dee se convirtió en un miembro del Gremio de Mercer, como su padre, a través del sistema de la empresa de patrimonio.
Dee le presentó Queen Mary un plan visionario para la preservación de librosantiguos, manuscritos y documentos y la fundación de una biblioteca nacional, en 1556, pero su propuesta no fue aceptada En cambio, amplió su biblioteca personal en su casa en Mortlake , incansablemente la adquisición de libros y manuscritos en Inglaterra y en el continente europeo, convirtiéndola en la bibliotecas más grandes de Inglaterra. 
Su alto estatus como erudito también le permitiódesempeñarse como asesor de la princesa Isabel pero en el año 1555, fue arrestado y acusado de "cálculo" por haber fundido horóscopos de Queen Mary y la princesa Isabel , los cargos fueron ampliados a traición contra María. Aunque salió bien librado de esta acusación, fue entregado a la Iglesia Católica, al Obispo Bonner para el examen religioso, este episodio fue sólo el más dramático de una serie deataques y calumnias que tuvo que soportar durante toda su vida.
 Sus grandes habilidades fueron reconocidas, y fue nombrado miembro fundador del Trinity College , donde los efectos de escena inteligente que realizó para una producción de Aristófanes llamada la “Paz ” le procuró fama de ser un mago que se aferraba a lo largo de la vida. . En 1552, conoció a Gerolamo Cardano en Londres: en suconocimiento que investigó una máquina de movimiento perpetuo , así como una gema que se supone que tienen propiedades mágicas.
Se casó dos veces y tuvo ocho hijos. Los detalles de su primer matrimonio son vagos, pero es probable que haya sido desde 1565 hasta la muerte de su esposa en torno a 1576. De 1577 a 1601 Dee escribió un diario meticuloso. En 1578 se casó con Jane Fromond de 23 años de...