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Vamos a relacionarlos en su demostración de la existencia de Dios.
Para ambos Dios es el ser perfecto, eterno y creador de toda la realidad; sin embargoDescartes necesita más a Dios que Sto. Tomás. Este, que sigue el modelo metafísico de Aristóteles, no le necesita para demostrar que el mundo existe; más bien alcontrario, el hecho de que el mundo exista y se comporte como lo hace es una prueba de que dios existe, según vimos en las famosas vías tomistas. 
Sinembargo, en el sistema cartesiano, Dios es la piedra angular que sujeta el edificio filosófico. Si a Descartes le quitamos a Dios, nos quedamos encerrados en el yopensante, nos quedamos con una única realidad. Descartes comienza así, sin querer un proceso que desembocará en el ateismo. En efecto, cuando la filosofía nonecesite a Dios para Justificar sus principios o sus verdades lo barrerá de un plumazo. El Dios de Descartes es el dios de los filósofos. El de Sto. Tomássólo es necesario para comprender los misterios de la fe, porque la Razón puede explicar por sí misma la existencia de la materia.
Hay además otra grandiferencia entre estos autores en cuanto a la demostración de Dios. Sto. Tomás utiliza una argumentación que se llama “a posteriori”, porque parte de la experienciasensible, de los datos que nos proporciona los sentidos y aplicando los principios metafísicos concluye la existencia de Dios. Descartes demuestra “a priori”,o sea parte del pensamiento y de las cualidades que definen al mismo Dios para concluir que ese ser tiene que existir también en el orden ontológico o real.