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Decadencia y Destrucción de los Pueblos
Realizada la expulsión, el gobierno español trató de conservar el sistema en las reducciones pero estableciendo una nueva organización política y administrativa en las misiones.  Para organizar el nuevo sistema, el gobernador de Buenos Aires, Francisco de Paula Bucarelli y Ursúa, dictó una serie de Instrucciones cuyas disposiciones más importantesfueron:
Separación de los poderes; los sacerdotes (mercedarios, dominicos y franciscanos, que hablaban guaraní) se encargarían de la atención espiritual, y el Gobernador y los Administradores, de lo temporal.
La rendición de cuentas que debían hacer los administradores, sus facultades y obligaciones en relación a la "conservación y perpetuidad material de los pueblos".
La obligatoriedad de laenseñanza del castellano.
Se permitía la presencia y relación con los españoles para facilitar la difusión del idioma y el adiestramiento de los indígenas en las prácticas comerciales libres y dinerarias.
Todas estas disposiciones, de acuerdo con la política del momento, condenaban la actuación de los jesuitas en las reducciones y se proponían modificar ese régimen que consideraban perjudicial, poruno de mayor libertad que permitiera al indígena integrarse a la sociedad colonial, para lo cual resultaba imprescindible el uso del idioma español. (En este contexto se ubican sus disposiciones sobre el abandono de la vestimenta tradicional, el tipoy en las mujeres, y la obligatoriedad de usar calzado).
El objetivo era integrar los 30 pueblos al sistema colonial, dependiendo su prosperidad delidioma castellano, el cultivo de la tierra y la actividad comercial.  Las ventajas de la producción y el comercio permitirían al indígena adquirir gradualmente su libertad.  El régimen de comunidad se mantenía, pero se recomendaba estimular el trabajo en las chacras particulares.
 A pesar de los proclamados objetivos de libertad, en la práctica la producción y el comercio estuvieron bajo elcontrol de los administradores y a su vez, los grandes gastos ocasionados por el complicado apartato administrativo obligaron a incrementar excesivamente el trabajo comunitario, descuidándose las propiedades particulares.
Según las Ordenanzas de Bucarelli, Misiones debía solventar sus propios gastos administrativos.  Pero no fue posible porque la carga presupuestaria de la administración se tronabacada vez más pesada por el aumento de funcionarios, y al mismo tiempo la recaudación fiscal disminuía por la merma de población, y el balance del comercio resultaba desfavorable.  Todo lo cual evidencia la decadencia económica de los pueblos.
La disminución poblacional se debió principalmente a dos factores:La alta tasa de mortandad y la deserción permanente.
Entre las causas de mortandadmencionamos la desnutrición, exceso de trabajo, las epidemias de viruela, las guerras suscitadas en el área misionera después de 1810, las estructuras de los pueblos que tenían mayoría de mujeres y pocos hombres en edad de trabajar, otras enfermedades.
Es significativa la cantidad de guaraníes que, a partir de 1768, abandonaron los pueblos, emigración que fue aumentando de manera alarmante.  Esto sedebió al brusco descenso de la calidad de vida: hambre, miseria, expoliación, desamparo, que los obligó a buscar otros lugares con mejores posibilidades.
Las migraciones estuvieron orientadas hacia Corrientes, los pueblos de Entre Ríos, Río Grande, Buenos Aires y Paraguay.  Lugares donde eran muy requeridos por su capacidad laboral en tareas domésticas, rurales y artesanales.  Otros se mezclaron concharrúas y minuanos.
Con la dispersión de la población guaraní se inició también un lento proceso de mestizaje en los propios pueblos, donde quedaron mayoría de mujeres y se instalaron españoles, y también en el caso de los que abandonaban los pueblos y se ubicaban en regiones vecinas.  Una característica importane de señalar fue que los guaraníes que emigraron españolizaron sus apellidos,...