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El trofoblasto prolifera e invade la superficie uterina por medio de la liberación de enzimas proteolíticas que actúan sobre las capas epitelial y estromática del útero, lostejidos uterinos sufren cambios para suministrar un líquido que suplemente la propia reserva alimenticia del embrión, para formar espacios que se llenen de sangre y para proporcionarun punto de unión a la placenta.
La diferenciación celular del embrión continúa durante y después de la implantación, con la formación de tres estratos germinales. El estratoexterno, el ectodermo, formará la base para piel, las células de revestimiento de las glándulas que drenan en ella, las partes del ojo, la mayoría del sistema nervioso, la médulaadrenal, la pituitaria, el epitelio de la nariz y la boca, las glándulas salivales y el esmalte de los dientes. Finalmente el endodermo dará lugar al revestimiento epitelial de lamayoría del tubo digestivo, la mayoría de las glándulas que drenan en él, así como el epitelio de los oídos, tiroides, paratiroides, timo, tracto respiratorio, tracto urinario ypróstata. El mesodermo dará lugar a los órganos y tejidos restantes, incluyendo hueso, cartílago, tejido conectivo y escleroso, dientes (excepto el esmalte), musculatura, síntomasvasculares y linfático, la mayor parte del sistema genitourinario, la corteza suprarrenal y el revestimiento mesotelial de las cavidades pleural, pericárdica y peritoneal. Alrededor de lacuarta semana se empiezan a formar los principales órganos y la diferenciación continua hasta la octava o desimasegunda semanas, en la que la cimentación de todos los órganosestará terminada. De allí en adelante hasta el final de la gestación, los cambios más importantes son los de mayor elaboración, desarrollo y crecimiento.