traduccion

Biología molecular
Tarea de traducción


1. ¿Existe alguna relación entre el número de codones que existen para un aminoácido y la cantidad de dicho aminoácido?
En E.coli se ha observado una correlación estrecha entre el contenido de tRNA y la ocurrencia de los respectivos codones (Ikemura, 1981).

2. En procariontes y eucariontes ¿Existen endoribonucleasas 5´ 3´y 3´ 5´?
La degradacióndel RNA en procariontes es iniciada por endoribonucleasas, que cortan dentro del transcrito. El rol principal es de la RNasa E en E.coli, así como sus equivalentes funcionales en otras bacterias, llamados RNasa Y y RNasa JI/J2 (5′ → 3′). El corte interno en el transcrito en bacterias, está estimulado por la remoción de pirofosfato en el extremo 5´. Las moleculas cortadas luego son degradadas porcooperación de actividades exoribonucleoliticas y por enzimas accesorias, que quitan estructuras secundarias y que poliadenilan para degradación.

En eucariontes el proceso de degradación se da principalmente por exoribonucleasas. Al mRNA citoplasmático se le debe remover primero el poliA del 3´, para que posteriormente se degrade 3′ → 5′. Si se quita el cap, la degradación puede ser 5′ → 3′ porla exonucleasa Xrn1. Ahora se ha encontrado evidencia que indica que varias endoribonucleasas están involucradas en la estabilidad del mRNA también en eucariontes (Tomecki and Dziembowski, 2010).

3. ¿Con qué experimentos fue dilucidado el código genético?
Inicialmente, en 1961, Crick y Brenner establecieron que el código genético era de tripletes no sobrelapables, y que se componía de 64codones para los 20 aminoácidos esenciales. Posteriormente Matthaei y Nirenberg observaron que al programar mRNA con poliU en E. coli, se obtenía una proteína sólo con fenilalanina, lo que relacionaba a un codón UUU para Phe. Este estudio llevó a la determinación del aminoácido que se codificaba por cada codón con la ayuda de mRNAs sintetizados con combinaciónes específicas de nucleótidos. Tiempodespués Nirenberg y Leder desarrollaron una técnica donde usaban aminoacil-tRNA radiactivo. A través de estos estudios el código genético fue establecido en 1965 (Söll and RajBahandary, 2006).

4. ¿Qué son los riboswitches?
Se llama así a los RNAs que controlan la expresión de un gen por la unión de metabolitos, sin necesitar factores proteicos. También se usa este término para RNAs que responden acambios en la temperatura, unión de tRNA, o unión de iones metálicos. Estas moléculas necesitan formar arquitecturas con complejidad suficiente para llevar a cabo dos funciones principales: Reconocimiento y el switching conformacional. Los riboswitches mas simples llevan una parte que censa un solo ligando y una plataforma de expresión que usualmente controla la expresión de un gen (Breaker, 2012).El mecanismo por el cual la expresión es regulada tiene que ver con la formación de estructuras alternativas en el RNA, que en la conformación de represión, causan la terminación prematura de la transcripción o inhibición de la iniciación de la traducción. Estos riboswitches regulan varias rutas metabólicas, como la biosíntesis de vitaminas, el metabolismo de algunos aminoácidos, etc. Se hanvisto en bacterias y observado algunos candidatos en arqueas y eucariontes.

5. ¿Cómo soluciona un ribosoma el término de la traducción cuando el mRNA está cortado o dañado y no hay un codón de stop?
El proceso de trans-traducción juega un rol particular en los procariontes, cuando la síntesis de proteínas baja o se estanca, al existir un mRNA que carece de un codón de término y se traduce. Elribosoma se detiene en el final del mensajero, con una cadena polipeptídica incompleta unida al sitio P. En este caso se requiere de transfer-messengerRNA (tmRNA), que es un RNA altamente estructurado y estable, el cual contiene un dominio TLD (tRNA-like), un marco de lectura abierto pequeño MLD que posee un codón stop y una cadena de pseudo-nudos.
Primero el tmRNA es aminoacilado por la...