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Semmelweis, hijo de un tendero de comestibles de origen germano, nace en Buda, en la orilla derecha del Danubio, en un barrio comercial de la capital húngara depoblación mayoritariamente alemana. Cursa estudios elementales en el Gimnasio Católico de Buda, y de 1835 a 1837 se forma en la Universidad de Pest, al otro lado del río.En noviembre de 1837 viaja a Viena por deseo de su padre para licenciarse en Derecho austríaco, pero su participación en una autopsia le hace abandonar el derecho ycomienza a cursar estudios en el Allgemeines KrankenHaus, Hospital General de Viena, donde se convertirá en alumno de Joseph Skoda2 (profesor de clínica médica), Carl vonRokitansky3 (profesor de anatomía patológica) y Ferdinand von Hebra4 (profesor de dermatología), tres insignes médicos austríacos. En 1839 se inaugura la Escuela deMedicina de Budapest y regresa a su ciudad natal para continuar allí su formación, pero en 1841 vuelve a Viena, descontento con la enseñanza recibida en Pest.

En 1844se licencia en Medicina y pasa los dos años siguientes trabajando con Rokitansky y dedicado al estudio de la infección en el campo de la cirugía. Durante este tiemponacen, a la vez, su recurrente inquietud y su permanente insatisfacción: «Todo lo que aquí se hace me parece muy inútil; los fallecimientos se suceden de la forma mássimple. Se continúa operando, sin embargo, sin tratar de saber verdaderamente por qué tal enfermo sucumbe antes que otros en casos idénticos».

En 1846, con 28 años,obtiene el doctorado en obstetricia y es nombrado asistente del profesor Klein, en una de las Maternidades del Hospicio General de Viena. Es el comienzo de una obsesión.