Tutorial BLAST














BLAST o Basic Local Alignment Search Tool es una herramienta que nos proporciona alineamientos de diversas secuencias, ya sean, proteicas o nucleotidicas. Es decir, se encarga de la búsqueda de diversas secuencias dentro de una base de datos y te ofrece las secuencias con mayor similitud con respecto a la secuencia problema.
Este alineamiento se presenta en 5 coloresdiferentes, cada uno de estos colores nos indica el apareamiento que se dio entre la secuencia problema y la evaluada, siendo el color negro el que nos indica menos de 40 apareamientos, y el rojo nos indica 200 o más apareamientos.
Para el primer Blast que realice, utilice dos secuencias variantes nucleotidicas:


Posteriormente, coloque la secuencia FASTA de ambas y obtuve el siguientealineamiento:


Como, podemos observar, se obtienen dos fragmentos de dos colores diferentes, separados por una región que no fue alineada. El primero, de color rosa, indicándonos un apareamiento de entre 80 a 200 nucleótidos, y el segundo, un apareamiento mayor o igual a 200 nucleótidos. También se logró notar, que la variante 1 es un muy pequeña con respecto a la 3.
El alineamiento, tambiénnos ofrece algunos datos que nos ayudan a evaluar la similitud entre las secuencias nucleotidicas como son: Max score, total score, query cover, E value e identidad. Para el Max score nos indica el número de nucleótidos alienados, que en este caso es de 1312 de un total de 1461 nucleótidos. Para el Query cover de 23%, el cual nos indica que tan bien se alinearon los nucleótidos de las secuencias.Este valor se puede deber a que la variante 1 tiene 1901 bp y la variante 3 tiene 3339 bp, por lo cual una queda desfasada con respecto a la otra y el Blast no fue muy buena.
Un E value de cero, como en este caso, nos indica que la secuencia pertenece a la misma secuencia o especie. La identidad indica el grado de correspondencia entre una secuencia y otra. Una identidad mayor a 25 % osuperior, nos puede indicar una similitud en la función, por lo cual, se podría decir que al tener un 100% identidad, la función que desempeñan es exactamente la misma.


A continuación se presenta la secuencia nucléotidica apareada:

En la imagen anterior, podemos observa que de los 1312 alineados, 710 son idénticos en ambas secuencias.
Para comprobar si existe una similitud funcional entre lavariante 1 y 3, realice un Blast de su CDS, para ver si es que este se encontraba afectado o no. Encontrando que el CDS abarca lo mismo en ambas secuencia, por lo tanto la proteína que codifican es la misma y desempeña la misma función en ambos casos.

Enseguida realice un Blast completo de la variante 3, ya que es la que se encuentra relaciona con la en la Amyiotic Lateral Sclerosis,obteniéndose el siguiente alineamiento:

Podemos observar que la secuencia abarca 3339 bp y se alineo con 131 secuencias similares a está dentro de Blast, obteniéndose, regiones rojas, donde hubo más de 200 nucleótidos apareados y unas pequeñas regiones rosas, que indican un apareamiento entre 80 a 200 nucleótidos.
En la siguiente imagen se muestran las secuencias que se aparearon con la variante 3, quevan de de valores de E = 0 a valores mayores a estos, por lo tanto, nos muestran las secuencias más semejantes en orden descendente, es decir, que conforme desciende la lista, las secuencias son ‘menos semejantez’ entre sí.

Enseguida realice un alineamiento de las dos isoformas que se encuentran en UniProt de la proteína C9orf72:


Se obtuvo el siguiente alinemiento:

Se observa que laisoforma 1 abarca 481 aminoácidos y la isoforma 2 abarca aproximadamente 223 aminoácidos.
Conforme a los valore de E, Max score, Ident, se puede decir, que la secuencia es del mismo organismo y pertenece a una parte de la misma secuencia. Así mismo, se alinearon todos los aminoácidos, 539 de 539 y el alineamiento fue bueno, es decir, que el grado de correspondencia sin espacios entre los...