Tutorial de software de quilica (avogadro)

INTITUTO TECNOLÓGICO DE APIZACO
ALUMNO:
NÉSTOR MENDIETA ROSALES
MATERIA:
QUÍMICA
CARRERA:
INGENIERÍA CIVIL


TUTORIAL
AVOGADRO

Avogadro es un software que nos permite dibujar estructuras moleculares realizando enlaces químicos.
El softwarede Avogadro se puede visualizar en 3D rotando la estructura, cambiando la perspectiva visual, y haciéndola girar en cualquier sentido y dirección solo con los movimientos del rato.
Las vistas de las estructuras moleculares son espectaculares.

1. La primera vez que se abre Avogadro se le presentará una pantalla como la que se muestra a continuación.

2. Preferencias de herramientas Alhacer clic, se activan los siguiente íconos en la Barra de Herramientas (Cuando pasan el ratón sobre los íconos aparece un breve tutorial de cada uno)

3. La herramienta de dibujo es la forma principal para construir moléculas.
4.

* Puede seleccionar el elemento a utilizar en un menú desplegable.

* La opción aparecerá una tabla periódica completa. El orden de enlace(simple, doble o triple) se puede configurar en un menú desplegable.

* Si tenemos activado el lápiz haciendo clic sobre la pantalla, dibujamos el átomo que seleccionamos, en este caso oxígeno.



4. Supresión

Si usted encuentra que ha cometido un error o desea eliminar un átomo en particular , haciendo clic con el botón derecho sobre el átomo, se suprimirá.

Tengan en cuentaque está activada, no se pueden eliminar los hidrógenos añadidos, la función de ajustar los hidrógenos ajusta el número de átomos de hidrógeno de forma automática y por lo tanto, añade el hidrógeno eliminado de nuevo.

Las moléculas de construcción
Si va a dibujar una molécula más compleja:

Botón izquierdo del ratón sobre un átomo existente, manteniendo el botón del ratón y arrastrar a otrolugar va a crear un enlace entre el átomo existente y la nueva.

Como crear una molécula con Avogadro Moléculas con Avogadro Si necesita cambiar un átomo existente, sólo tiene que seleccionar el elemento deseado y haga clic.
5. Alinear molécula:
La herramienta de navegación le permite mover la molecula alrededor de la escena.
Si hacemos clic sobre la molécula: la rotamos
Si hace clicen un átomo en particular, a continuación, rotación, traslación o zoom se produce en relación con ese átomo. De lo contrario, la navegación es en relación con el centro de la molécula.

La herramienta de manipulación de enlace central.

Manipular la herramienta
La herramienta le permite manipular para mover átomos individuales o fragmentos seleccionados en el espacio. .

6. Nosiempre las cosas salen bien la primera vez, o tal vez la optimización de la geometría no le ha dado la geometría que se interese.
Avogadro tiene dos herramientas para ayudar en la manipulación de moléculas que ya se han elaborado.
Estas son las centradas Bonos manipular herramientas y la herramienta Manipulación.
Ambos permiten la manipulación de una molécula existente.
Muchas herramientaspueden trabajar ya sea en el átomo de hacer clic en o en una selección de los átomos.
La herramienta Seleccionar le permite hacer selecciones y luego trabajar en estas selecciones usando una herramienta diferente. Por ejemplo, un grupo de cinco átomos se pueden seleccionar con la herramienta de selección y los átomos se pueden mover mediante la selección de la herramienta de manipular y hacer clicizquierdo en la selección mientras mueve el ratón hasta que la configuración deseada.
7. Configuraciones de selección de átomos- enlaces y moléculas
La herramienta de selección le permite operar en las secciones de las moléculas.

El modo de selección permite seleccionar átomos individuales cuando se hace clic, los residuos biomolecular (por ejemplo, aminoácidos, ácidos nucleicos) o...