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ESTILOS PRINCIPALES DE MODELOS MOLECULARES
Antes de indicar cómo se pueden seleccionar los distintos modos de representación de las moléculas vamos a tratar brevemente sobre las característicasprincipales de los distintos tipos de modelos moleculares.
Las estructuras tridimensionales de las moléculas pueden visualizarse con Jmol siguiendo el siguiente código de representación (originalmentebasado en el programa RasMol):

Alambre
Se muestran sólo los enlaces, como líneas delgadas.

Varillas
Se muestran sólo los enlaces, como líneas gruesas. Este modelo es adecuado para verla estructura de moléculas grandes.


Bolas y varillas
Los enlaces son varillas y los átomos pequeñas esferas. No refleja ni el tamaño ni la forma real de la molécula, pero permite distinguirclaramente los diferentes átomos y enlaces.

Esferas (esferas CPK)
Se representan todos los átomos como esferas sólidas con sus radios de van der Waals (es lo más semejante al volumen realocupado por el átomo)
Muestra el tamaño y la forma reales de la molécula pero dificulta la percepción de su estructura.


Esqueleto
Representa el esqueleto del polipéptido como una serie devarillas que conectan los carbonos alfa consecutivos de cada aminoácido en una cadena (en ácidos nucleicos, se conectan los átomos de fósforo). No se muestran las cadenas laterales. Es unarepresentación interesante para percibir el plegamiento global del polipéptido o ácido nucleico.

Trazo
Es similar al esqueleto, pero suavizado, sin ángulos (un cordón curvilíneo).


Cintas lisasVisualiza la proteína o ácido nucleico como una superficie de "cintas" densa y lisa que recorre el esqueleto polipeptídico o polinucleotídico de la molécula.

Esquemático
Extiende larepresentación de cintas para permitir mostrar la representación de Richardson (MolScript).
Es similar al modelo de cintas pero muestra mediante puntas de flecha la orientación de las cadenas en hebras y...