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La obra de Heráclito es netamente aforística. Su estilo remite a las sentencias del oráculo de Delfos y reproduce la realidad ambigua y confusa que explica, usando el oxímoron y la antítesis para dar idea de la misma. Diógenes Laercio (en Vidas..., IX 1–3, 6–7, 16) le atribuye un libro titulado Sobre la naturaleza (περὶ φύσεως), que estaba dividido en tres secciones: «Cosmológica», «Política» y«Teológica». No se posee mayor certeza sobre este libro. El primer estudioso en proponer un ordenamiento de los fragmentos fue P. Schuster (1873),3 poniendo a la cabeza de todos el que posteriormente fue dispuesto como B56 (Diels-Kranz) y que refiere la adivinanza que unos niños plantearon a Homero, y que éste, "el más sabio de todos los griegos", como lo pinta Heráclito (véase más abajo), no suporesolver. I. Bywater en 1877 hizo un reacomodo de los fragmentos conforme a la indicación de Laercio, traducido al español por José Gaos. Es curioso que Bywater no considera importante el fragmento que Schuster pone a la cabeza de todos, y no lo incluye en su propia ordenación. Agustín García Calvo reconstruye la posible estructura del libro en su edición de los fragmentos del mismo, titulada Razóncomún. Distingue tres apartados: «Razón general», «Razón política» y «Razón teológica».
Heráclito afirma que el fundamento de todo está en el cambio incesante. El ente deviene y todo se transforma en un proceso de continuo nacimiento y destrucción al que nada escapa.
Es común incluir a Heráclito entre los primeros filósofos físicos (φυσικοί, como los llamó Aristóteles), que pensaban que elmundo procedía de un principio natural (como el agua para Tales, el aire para Anaxímenes y el Ápeiron para Anaximandro), y este error de clasificación se debe a que, para Heráclito, este principio es el fuego, lo cual no debe leerse en un sentido literal, pues es una metáfora como, a su vez, lo eran para Tales y Anaxímenes. El principio del fuego refiere al movimiento y cambio constante en el que seencuentra el mundo. Esta permanente movilidad se fundamenta en una estructura de contrarios. La contradicción está en el origen de todas las cosas.
Todo este fluir está regido por una ley que él denomina Λόγος (Logos). Este Logos no sólo rige el devenir del mundo, sino que le habla (indica, da signos, fragmento B93DK) al hombre, aunque la mayoría de las personas «no sabe escuchar ni hablar»(fragmento B73DK). El orden real coincide con el orden de la razón, una «armonía invisible, mejor que la visible» (B54DK), aunque Heráclito se lamenta de que la mayoría de las personas viva relegada a su propio mundo, incapaces de ver el real. Si bien Heráclito no desprecia el uso de los sentidos (como Platón) y los cree indispensables para comprender la realidad, sostiene que con ellos no basta y quees igualmente necesario el uso de la inteligencia, como afirma en el siguiente e importante fragmento:
Se engañan los hombres [...] acerca del conocimiento de las cosas manifiestas, de la misma manera que Homero, que fue [considerado] el más sabio de todos los griegos. A él, en efecto, unos niños que mataban piojos lo engañaron, diciéndole: 'cuantos vimos y atrapamos, tantos dejamos; cuantos nivimos ni atrapamos, tantos llevamos'.
en Diels-Kranz, Fragmente der Vorsokratiker, 22 B56
Al uso de los sentidos y de la inteligencia, hay que agregarle una actitud crítica e indagadora. La mera acumulación de saberes no forma al verdadero sabio, porque para Heráclito lo sabio es «uno y una sola cosa», esto es, la teoría de los opuestos. Quizás el fragmento más conocido de su obra dice:
ποταμοῖςτοῖς αὐτοῖς ἐμβαίνομεν τε καὶ οὐκ ἐμβαίνομεν, εἶμεν τε καὶ οὐκ εἶμεν τε. En los mismos ríos entramos y no entramos, [pues] somos y no somos [los mismos].
en Diels-Kranz, Fragmente der Vorsokratiker, 22 B12

Heráclito llorando, por Hendrick ter Brugghen (1628).
El fragmento (citado con frecuencia erróneamente como no se puede entrar dos veces en el mismo río, siguiendo a la versión que da...