Varios

Fray Francisco de Santa Ana edificó una pequeña y modesta Iglesia que después fue mejorada y ampliada  en Convento por el Virrey del Perú Andrés Hurtado de Mendoza protector de la Orden.
Durante elsiglo siguiente el templo fue objeto de una serie de arreglos y decoraciones que terminaron por convertirlo en un portento del arte de la colonia.
Su construcción no era muy sólida, sin embargo. en1614 el arquitecto y obrero mayor del convento, Fray Miguel de Huerta, advirtió que los pilares de la Iglesia tenían escasos cimientos y estaban colocados sobre cascajo, el 4 de Febrero de 1656, unestruendo derrumbe trajo abajo el templo de San Francisco, destruyí sus incalculables riquezas artísticas y todo el esfuerzo de un siglo se hizo ruinas.
No tardó la Orden en asumir esa prueba. SuComisario General Fray Francisco de Borja contrató los servicios del arquitecto portugués Don
Constantino de Vasconcellos y del alarife limeño don Manuel de Escobar para encargarles que edificaran un nuevotemplo en el mismo sitio.
La primera piedra fue puesta por el Virrey Luis Enríquez de Guzmán el 8 de Mayo de 1657. En 1669 se hizo cargo de la obra el nuevo Comisario general de la Orden Fray Luisde Cervela, quien logró culminarla en la lapso de cinco años

. El nuevo templo fue inaugurado con gran pompa el 3 de Octubre de 1672. En el interior del convento que había sufrido también algunascalamidades, las reparaciones continuaron hasta 1729.
El templo goza el Título de Basílica Menor, concendido por el Papa Juan XXIII en el año 1963.
Las criptas de San Francisco, que han cobrado famacon el nombre de catacumbas por similitud con las romanas, son una serie de bóvedas subterráneas (debajo de las capillas de la iglesia), que se emplearon hasta principios del siglo XIX. Sirvieron desepultura a miembros de cofradías y hermandades.
En 1947 fueron abiertas sus galerías y pasajes que se encontraban tapiados, para efectuar trabajos de excavaciones, limpieza e instalaciones de luz,...