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Un motor de búsqueda es un sitio donde escribes una palabra clave y te regresa sitios relacionados a la palabra o tema que buscas
Por ejemplo: google.com, lycos.com alltheweb.com etc

Un metabuscador es un buscador más potente que busca la información en varios motores de búsqueda al mismo tiempo
Por ejemplo: metacrawler.com, webcrawler.com

Un directorio está dentro de un sito deinternet. Puede tener un motor de búsqueda interno para encontrar palabras claves o temas SOLO en ese sitio.
Por ejemplo: sep.gob.mx tiene un buscador interno donde tecleas por ejemplo "becas" y te salen sub-páginas del sito de la sep con el tema de becas escolares.

índices temáticos son categorías que están dentro de un sitio de internet, como si fueran carpetas que contienen información sobretemas específicos que no se mezclan entre sí.
Source:
Para más info, mira aquí y sigue los enlaces
http://es.wikipedia.org/wiki/Categor%C3%...
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Que son los directorios de enlaces, función y utilidad. Tipos de directorios existentes.Beneficios y efectividad practica de incluir en ellos un sitio web. Listado y dirección de los más importantes y populares en español. ¿Ayudan a tener más visitantes, tráfico, mejor posicionamiento y PageRank? Directorios de blogs, Do-Follow e índices de otros directorios. Precauciones a tener en cuenta.
Los directorios web o directorios de enlaces de internet
¿Que son los directorios web odirectorios de enlaces?

Los directorios web, también conocidos como directorios de enlaces, son sitios web que listan páginas y sitios útiles y de interés de internet, generalmente organizados por categorías.
Son una especie de guía o índices de páginas y sitios web de internet, en ocasiones con una corta descripción de cada sitio que recomiendan.
Surgieron hace algunos años, ante la necesidad ydemanda de los usuarios de conocer sitios y páginas de interés, según el objetivo de cada cual al navegar en internet.
Existen directorios temáticos, o sea enfocados en un contenido específico y otros abiertos, en los cuales es posible encontrar referencias sobre cualquier tema.
Normalmente funcionan permitiendo que les sean sugeridos sitios a incluir en su base de datos, los que son verificadosmanualmente y si son adecuados se incluyen con una corta descripción de su uso.





¿Cuantos tipos de directorios hay en internet?

Directorios de pago. Es necesario pagar para que incluyan nuestro enlace. Son muy beneficiosos para el posicionamiento ya que al poseer menos enlaces transmiten mayor autoridad y en ocasiones PageRank.
Directorios gratis. Es posible dar de alta a una web deforma gratuita. Son de poco interés para el posicionamiento por estar muy saturados y en muchos casos son considerados por los buscadores como emisores de webspam (Una excepción es DMOZ).
Directorios por registro. Son gratis pero es necesario registrarse, sugerir un sitio y esperar por una revisión. Los beneficios son similares a los anteriores.
Directorios recíprocos. Son gratis pero exigen acambio un vínculo para ser listados o sea se crea un intercambio de enlaces que favorece a ambos. Son más relevantes que los gratuitos.
Directorios por pujas. Es una modalidad nueva. Son de pago, en ellos se ocupa una posición dependiendo del precio que se pague mediante subasta. Cuanto más se pague más arriba.





Efectividad de los directorios web en la actualidad

En su comienzo los...