Virus

SECUENCIACIÓN MASIVA, BACTERIAS Y VIRUS
Aunque se están realizando grandes esfuerzos para que la secuenciación masiva del cáncer pueda tener una aplicación práctica, todavía falta para que se utilize en los hospitales para el beneficio de los pacientes. Sin embargo, las secuencias de bacterias y virus están empezando a generar ya aplicaciones clínicas importantes.

La secuenciación enlos laboratorios de Hospitales se convertirá en una herramienta inestimable para la delimitación, el seguimiento y control de las infecciones. Ejemplos de ello son infecciones como la de Staphylococcus aureus resitente a meticilinaó Streptococcus pneumoniae. También será crucial para la vigilancia de la resistencia antibiótica y patógenos emergentes, tales como los responsables de síndrome respiratorioagudo severo (SRAS), el H5N1 y la gripe H1N1.
Por otro lado, recientemente, investigadores de la FDA han sido capaces de identificar la cepa bacteriana y el producto responsable de un brote de Salmonella que mató a más de 250 personas en EEUU en 2009-2010, mediante secuenciación masiva. De hecho, el análisis fue más preciso que el tradicional obtenido con DNA fingerprinting. Una de las conclusionesde este hallazgo es que, mediante el uso de tecnologías de secuenciación de nueva generación, se podría hallar la fuente de contaminación más rápidamente y retirar los productos contaminados antes, de tal manera que se mitigaría la severidad de la enfermedad, pudiéndose incluso salvar vidas.
Los científicos, tras darse cuenta que las bacterias simbiontes juegan un papel importante en mantenernuestros cuerpos, están empezando a apreciar la importancia de nuestros comunidades virales también. Investigadores del ultimo congreso International Human Microbiome Congress han discutido que éstos virus, colectivamente llamado viroma, difieren entre individuos enfermos y sanos.
Así, se ha visto que el viroma difiere entre individuos con una dieta rica en grasas o baja en grasas, o inclusoentre gemelos. En este último análisis, se comprobó que entre estos gemelos no había diferencias en cuanto a las bacterias intestinales, lo que sugiere que las poblaciones virales son únicas para cada persona.
Finalmente, mediante secuenciación de última generación, se ha podido:
- Determinar qué virus se presentan en niños con fiebre de causa desconocida, (principalmente mastadenovirus), entre loscuales se encontraron algunos conocidos pero nunca asociados a fiebre: astrovirusMLB2, o rinovirus HRV-QPM
- Saber cuál es el viroma de pacientes de la enfemedad fibrosis quística
- Saber cuál es el viroma presente en la boca de individuos sanos
En conclusión, la secuenciación masiva, primero utilizada en investigación del genoma del cáncer, empieza a tener sus frutos en otras áreas sanitarias degran impacto, como son las infecciones bacterianas o virales. Aunque la investigación todavía está en su infancia, se tardará posiblemente menos en tener aplicaciones prácticas.

SECUENCIACIÓN DE 1 ÚNICA CÉLULA CANCEROSA
16MAR
En los tumores, existe gran heterogeneidad genética. Pueden coexistir clones celulares con diferente información genética, lo cual hace más difícil la búsquedade terapias antitumorales dirigidas. Por ello, es necesario diseñar metodologías que permita conocer el genoma tumoral a nivel celular. Esto también permitiría conocer la historia evolutiva de un tumor.
Científicos del Cold Spring Harbor Laboratory, del MD Anderson Cancer Center de la Universidad de Texas , y del Ontario Institute for Cancer Research han publicado en la revista Nature algo parecido. Apartir de muestras de cáncer de mama, se han podido aislar núcleos individuales, se ha amplificado el genoma completo, y se ha realizado secuenciación de alto rendimiento. Aunque la secuenciación sólo ha podido ser fiable sobre el 6% del genoma, ha sido suficiente para tener un conocimiento esquemático de la estructura del genoma.
Se analizaron 100 núcleos de 2 tumores primarios, y se pudo...