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El nombre del municipio es en honor al caudillo revolucionario, general Emiliano Zapata Salazar. 
Escudo
El escudo fue diseñado en 1998 para ser usado en forma oficial por el Ayuntamiento (1998-2000); para ello se utilizó el esquema del escudo del Estado de Tabasco con las adecuaciones hechas para identificar el sexenio constitucional 1995-2000. 

royectado sobre doble marco, uno externo decolor verde y otro interno de color gris donde destacan en la parte superior la leyenda Emiliano Zapata y en la inferior Tabasco, se aprecia en el cuarto superior izquierdo de color rojo, una cabeza de cebú que representa la ganadería, principal actividad económica del municipio; en el cuarto superior derecho sobre fondo blanco, puede verse un cayuco sobre el que un boga lleva a tres personas, enreferencia al medio de transporte fluvial más antiguo utilizado en el río Usumacinta, a cuya margen izquierda se encuentra asentada la cabecera municipal, y debajo del cayuco hay un par de peces que simbolizan la riqueza piscícola del lugar. 
En la parte media inferior sobre fondo azul rematado en olas que representa la abundancia de agua, destacan tres dibujos, hacia la izquierda una mazorca demaíz, al centro una planta de maíz y a la derecha, un mazo de sorgo, hacia el centro hay una rebanada de sandía de la que surge un cántaro verde rematado en forma de pirámide maya, que representa la fertilidad del suelo, y dentro de éste, en fondo rojo simbolizando el martirio revolucionario, surge la figura del generalísimo Emiliano Zapata, caudillo del movimiento agrarista mexicano. El autor delescudo es el artista Alberto Mosqueda Maccosay.  

HISTORIA
Reseña Histórica
Los asentamientos humanos más antiguos de los que se tiene conocimiento en este territorio se remontan al siglo V a.C., cuando grupos mayas provenientes de los Altos guatemaltecos y de Chiapas, iniciaron el poblamiento de las tierras bajas noroccidentales bañadas por el río Usumacinta. 
En las ruinas mayas delPreclásico halladas aquí, se han encontrado artefactos de origen olmeca que revelan que los mayas de esta región mantuvieron relaciones comerciales e hicieron intercambios tecnológicos y culturales con la más antigua civilización mesoamericana que se conoce, lo que posteriormente se reflejaría en la alfarería y escultura y hasta posiblemente en su religión. 
Cuando los españoles descubrieron lapenínsula de Yucatán y la desembocadura del río de Tabasco al que bautizaron con el nombre de su descubridor Juan de Grijalva, las etnias predominantes en la región eran de origen maya: chontales, acalanes y mactunes, aunque comenzaban a incursionar en la región, grupos provenientes de la meseta central de México, especialmente los mexicas, una de las tribus nahuas. 
Cabe señalar que cuando elconquistador Hernán Cortés estuvo de paso en esta región durante la trágica expedición a Las Hibueras en 1524, y que constituyó el descubrimiento de la región del Usumacinta para el mundo occidental, todas las ciudades mayas del período Clásico estaban abandonadas, por lo que sólo encontraron asentamientos pertenecientes a lo que se conoce como el nuevo imperio maya o maya del Postclásico, una de ellas lofue Iztapan (nombre nahua), que algunos investigadores identifican como el sitio que hoy ocupa la ciudad de Emiliano Zapata. 
En unos documentos conocidos como los Papeles de Paxbolón Maldonado, cuyos originales se conservan en el Archivo de Indias en Sevilla, España, se indica que el señorío de los mactunes se extendía hasta Iztapan, territorio entonces disputado por los dzules, tribu provenientedel sur de la península de Yucatán. 
Las ruinas mayas más importantes en este municipio llevan el nombre de Las Carmelitas, Montebello, Joval, Corozal y Chacaj. 
Es probable que a la desintegración de estas poblaciones se hayan buscado nuevos sitios de asentamiento; los historiadores locales Gregorio Cabrera García y Enrique Fonz Romero, aún cuando no revelan la fuente de su información,...