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Los sistemas montañosos determinan dos grandes regiones hidrográficas, la de los ríos que desembocan en el océano Pacífico, y los que lo hacen en elAtlántico, que a su vez se dividen en dos vertientes: la del Caribe, por el golfo de Honduras, y la del golfo de México, atravesando Yucatán. Los ríos quedesembocan en el golfo de Honduras son extensos y profundos, propios para la navegación y la pesca; entre los más importantes están el río Motagua o río Grande,y el río Dulce, desagüe natural del Lago de Izabal; asimismo se encuentran los ríos que no son propios de navegación y que igualmente desembocan en elocéano Atlántico, como son el río Polochic y río Sarstún (frontera entre Guatemala y Belice).
De la cuenca hidrográfica del golfo de México sobresalen el ríoLa Pasión y el Chixoy o Negro, río en el cual se ubica la Hidroeléctrica Chixoy que provee el 30% de la electricidad consumida por los guatemaltecos, ydonde se ha planificado la construcción de la Hidroeléctrica Xalalá que está ahora en licitación. Todos estos son afluentes del Usumacinta, el río más largo ycaudaloso de Centroamérica, y frontera natural entre Guatemala y México en el departamento de El Petén. Los ríos de la cuenca hidrográfica del Pacífico secaracterizan por ser cortos, de curso rápido e impetuoso; dentro de los ríos fronterizos están el río Suchiate (frontera natural entre México y Guatemala,a la altura del departamento de San Marcos), y el río Paz (frontera natural entre el Salvador y Guatemala, a la altura del departamento de Jutiapa).