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El primer antecedente histórico de la fundación de la Universidad de San Carlos fue la solicitud de autorización para crear un centro de estudios superiores en la Ciudad de Santiago de losCaballeros de Guatemala, actualmente Antigua, que el licenciado Francisco Marroquín, primer Obispo de Guatemala, dirigió al Monarca español en una carta fechada el 1 de agosto de 1548.
Durante el periodoiniciado en la fecha de la petición referida, y finalizado con la fundación de la Universidad de San Carlos, se establecieron Colegios de Artes, Teología y Filosofía, de los cuales el primero fue elColegio de Santo Tomás de Aquino, fundado en 1620, gracias a los bienes que el Obispo Marroquín heredó en 1563 para ese propósito . Luego, en los inicios del siglo 17 la Orden de la Compañía de Jesúsinstauró el Colegio de San Lucas, al cual le siguieron el Colegio de Santo Domingo y el Tridentino, todos estos establecimientos ostentaron las primeras autorizaciones para otorgar grados universitariosante la ausencia de una Universidad.
En 1659 —ciento once años después de aquella primera solicitud emitida por el licenciado Francisco Marroquín—, el Obispo Payo Enríquez de Rivera envió un informe asu Majestad Carlos II, manifestándole la necesidad de un establecimiento de educación superior, en ese año ya estaban fundadas las siguientes universidades, citadas según el orden cronológico en elque se crearon:
1. Imperial y Pontificia Universidad de Santo Tomás de Aquino, instaurada por el Rey Carlos V, y confirmada por el Papa Paulo III en 1538, en la Ciudad de Santo Domingo, capital de laisla la Española, actualmente República Dominicana.
2. Real y Pontificia Universidad de México, establecida por Real Cédula del Rey Felipe II en 1553.
3. Universidad de San Marcos fundada también en1553, en Lima, Perú.
El 5 de julio de 1673 se recibió la Real Cédula que ordenaba organizar una Junta en la Ciudad de Santiago de los Caballeros de Guatemala, integrada por el Presidente de la Real...