I.E.A.C.I

Poco después de la publicación, le fue ofrecido el puesto de médico imperial en la corte de Carlos V. Informó al senado de Venecia de que dejaba su puesto en Padua, lo que impulsóal duque Cosme I de Médicis a intentar convencerle a que se trasladase a la Universidad de Pisa, oferta que Vesalio declinó. En la corte tuvo problemas en sus relaciones con los otrosmédicos, que lo consideraban un "barbero".

Durante los doce años siguientes Vesalio viajó con la corte, tratando heridas de guerra y torneos, realizando operaciones quirúrgicas yautopsias, y escribiendo cartas privadas acerca de cuestiones médicas específicas. Durante esta época escribió también su obra Radicis el Chynae, un texto corto acerca de laspropiedades de una planta medicinal, la raíz de China o [zarzaparrilla], en el que se defiende además de las acusaciones de los partidarios de Galeno. Recibió numerosos ataques.

Tras laabdicación de Carlos V, continuó ejerciendo como médico en la corte de Felipe II, quien le recompensó con una pensión vitalicia y el nombramiento de conde palatino. En 1562 lepracticó una trepanación al Príncipe Carlos de Habsburgo. En 1555 publicó una edición revisada de su De Corporis.

Es condenado a la hoguera por algunas oscuras prácticas, pero FelipeII cambia esta sentencia por una peregrinación a Tierra Santa, la cual emprende en 1564. Se embarcó con la flota veneciana de Giacomo Malatesta, vía Chipre. Cuando llegó a Jerusalénrecibió un mensaje del senado de Venecia instándole a aceptar su antiguo puesto en la universidad de Padua, que había quedado vacante a la muerte de su amigo y alumno Falopio.

Trasluchar durante varios días con vientos adversos en el mar Jónico, su barco debió atracar en la isla de Zante. Allí murió poco después, cuando contaba escasamente cincuenta años.