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El Dr. neo cortex alias "N.Cortex" creó una máquina la cual podía hacer a los animales más inteligentes y obedientes. Éste quiso convertir a Crash en su guaerdaespaldas, jefe de su ejército, pero entonces Crash se escapó debido a un error y cayó en otra isla lejos del laboratorio de Cortex. Crash sospechó que iban a usar a su novia Tawna así que fue a rescatarla. Después de luchar, Crash contraCortex, Cortex cayó en un pequeño islote y encontró una nueva fuente de poder, los cristales. Después de 12 meses, Cortex constuyó la "Cortex Vortex", una base espacial y allí, junto con el Dr. N.Gin pusieron a prueba el poder del cristal maestro pero hubo un fallo: Hacían falta otros 25 cristales esclavos y estaban en 25 diferentes partes de la tierra. En algunas de ellas, estaba Polar, oso polarque ladra y se volvería luego compañero de los héroes. También allí se encontraba Bearminator. Cortex ya no tenía amigos en la tierra así que utilizó a su enemigo Crash. Le dio las órdenes de juntar los cristales y de contener el poder que venía a la tierra y Crash no tuvo otra opción, pero Coco le reveló que era para crear esclavos terrestres. El Dr.Nitrus Brio le propuso algo, de forma que sijuntaba todas las gemas le ayudaría a destruir el Cortex Vortex.Al proporcionarle su ayuda,Cortex pretendió huir en el espacio pero Crash no lo dejó, se llevó los cristales y desde la tierra destruyó el Cortex Vortex. Los pedazos del Cortex Vortex cayeron en un templo maorí y liberaron a una fuerza hermana de Aku-Aku de Crash, llamada Uka-Uka, la cual ayudó a Cortex a rescatar los cristales en unamáquina del tiempo del Dr.Nefarious Tropy (el amo del tiempo y el espacio). Crash y Coco viajaron por diferentes épocas y lugares de la historia como el Medioevo, el Antiguo Egipto, el futuro, el mar, el Imperio Chino, y otros como Arabia. Crash recuperó los cristales antes que Cortex y entonces éste junto a Uka-Uka lucharon contra Aku-Aku y Crash para recuperar los cristales. Aku y Crash ganaron ypropiciaron que Cortex, Uka Uka y N.Tropy se perdieran en el tiempo por un ligero error en la máquina, dejándolos en un vacío vórtice.
Tiempo después Crash, sus amigos y enemigos estaban compitiendo en carreras amistosas hasta que un alienígena llamado Nitrous Oxide retó a los corredores de la Tierra a una carrera por el destino del planeta. Crash, Coco, Polar, Pura, Cortex, N. Gin, Tiny Tiger yDingodile participaron en la competición y al final N.Oxide fue derrotado y obligado a dejar la Tierra para siempre.
En el vacío del espacio Aku-Aku tiene una discusión con su hermano Uka-Uka acerca de cuál era más fuerte y poderoso: el bien o el mal. Uka-Uka dice que deberían pelear para demostrar eso, pero Aku-Aku se niega ya que no puede haber guerra entre ellos. Entonces, deciden hacer unacompetencia amistosa de minijuegos entre Aku-Aku y Uka-Uka. Aku trae a Crash y a Coco mientras que su hermano trae a Cortex, N. Brio, Tiny, Dingodile, Koala Kong y Rilla Roo. Aku-Aku dice que Uka tiene muchos jugadores, por lo que éste le da a dos de sus jugadores (los cuales varían en cada partida) y así los juegos comienzan. Si ganaba el bien pasaba lo siguiente: Uka-Uka se enoja con Cortex y Briopor haberle fallado y se pregunta qué tipo de trampa utilizó Aku-Aku. Él dice que no usó ningún tipo de trampa y que sabía que Uka estaría detrás de los cristales y después expulsa a Uka-Uka al espacio. Si ganaba el mal ocurría esto: Uka-Uka tiene los cristales en su poder y cae una tormenta sobrenatural sobre el universo. Aku-Aku se pregunta cómo el bien pudo caer a los pies del mal y les dice aCrash y a Coco que busquen un lugar donde esconderse y estar a salvo. Uka-Uka dice que pueden correr cuanto quieran, pero que no podrán esconderse de él.
La productividad del mal ha caído en picada, y como consecuencia, Uka-Uka organiza una reunión de malvados: Dingodile, Tiny, N.Tropy, N.Gin, y por supuesto; el Doctor Neo Cortex. Este último trabaja en un "superbandicoot" llamado Crunch, el...