1_Introduccion_a_la_bio_2013

BIOINFORMÁTICA
Adrián Turjanski
Marcelo Marti
Ale Nadra
Juan Pablo Arcon
Sonia Dileo

Algo de hoy
► Introducción:

 para que?
► Sobre

la información biológica
► Qué es la bioinformática?
 Definiciones
 Bloques temáticos del BIF.
► Subsección

 Ideas Generales
 Ejemplo
 Como viene el curso?
21/03/2013

Curso de Bioinformatica

Info del curso
► La

pagina del curso:http://materias.qb.fcen.uba.ar/

► Teórico/Práctico:
► Teoría:

Información general, conceptos
básicos y algunas ecuaciones.
► Práctica: Aprender las aplicaciones y
afianzar la teoría.
21/03/2013

Curso de Bioinformatica

cronograma
Teóricas

Teórica

Práctica

Jueves 21 Marzo

Introducción (Adrián)

Martes 26 Marzo

Bases de Datos primarias (Marcelo)

Jueves 4 Abril

Continuacion BD1

NCBI/Entrez

Martes 9 AbrilMetodología en Bases de datos (Fernán)

Linux/Bases de datos

Jueves 11 Abril

Linux/Bases de datos. Ale Lanza.

Linux/Bases de datos

Martes 16 Abril

Dot Blot

Jueves 18 Abril

Métodos de Alineamiento. Dot Plot. Programación
dinámica. (Marcelo)
Métodos de Alineamiento. (Marcelo).

Martes 23 Abril

Resumen Alineamiento. Blast. (Adrian)

Alineamiento.Blast.

Jueves 25 Abril

Alineamientos MúltiplesBúsqueda de motivos en
secuencia. (Adrián)

Alineaminto Multiple.
Clustal

Martes 30 Abril

Bases de Datos Secundarias (Adrian)
PFAM

PROSITE PFAM

Juves 2 Mayo

PROSITE PFAM

Martes 7 Mayo

Repaso

Jueves 9 Mayo

Parcial

21/03/2013

Alineamiento

Curso de Bioinformatica

cronograma
Teóricas

Teórica

Práctica

Martes 14 Mayo Ensamablado y Anotación de genomas. (Adrián)

Anotación de GenomasJueves 16 Mayo Análisis de Genomas. (Adrián)

Anotacion de Genomas

Martes 21 Mayo Secuenciación con técnicas de nueva generación.
(Martin Vazquez)
Jueves 23 Mayo Intro a Estructura de Prot (Adrian)

Genome Browser

Jueves 6 Junio
Martes 11 Junio

Modelado por Homologia
Modelado por Homologia

VMD (Visualización de prot)
Análisis de Estructuras
Martes 28 Mayo Potenciales Clásicos (Fisicoquimicos yEstadísticos) (Adrián) (VMD)(Visualización de prot)
Análisis de Estructuras
jueves 30 Mayo
Comparación Estructural
Martes 4 Junio
Modelado Comparativo o por Homología (Adrián)
Comparación Estructural

Threading, Prediccion de estructura secundaria y Métodos
Ab-initio (Adrián)
Jueves 13 Junio Docking droga proteína y proteína-proteína (Adrián)

Martes 18 Junio

Docking

Jueves 20 Junio Del Genoma a laDroga (Marcelo)
Martes 25 Junio Repaso
Jueves 27 Junio Parcial
Jueves
4 Julio
21/03/2013

Docking

Recuperatorio

Curso de Bioinformatica

¿Cómo se aprueba?
► Asistiendo

a las practicas
► Entregando los informes con un porcentaje
de la práctica.
► Aprobando los dos parciales. (5,5)
 Arriba de 7 de promedio no va final.
 El parcial se hace en clase:
►Presencial

con preguntas sencillasteóricas.
►Con problemas parecidos a los de las guías.
►Libro Abierto y Computadora Abierta.

► Opcional:
21/03/2013

Entrega de Informe especial.
Curso de Bioinformatica

Tarea para la casa
► Sugerencias

y no tanto:

 Prueben usar Linux. Es útil por la mentalidad.
 Prueben los programas o herramientas en casa.
 Elijan un ejemplo de una pregunta por grupo:
► Sugerencia

una proteína a la que la van asometer a todas las
herramientas.
► Entreguen al final del curso.

► Programas:

 Alineamiento (BLAST, CLUSTAL, T-COFFE, el que
quieran)
 Bases de Datos (EBI, PFAM, PROSITE, SCOP, NCBI,
CCD, etc…..
 Visualización (VMD, Pymol, Rasmol, etc…)

21/03/2013

Curso de Bioinformatica

Introducción

21/03/2013

Curso de Bioinformatica

¿Hay mucha información?
► El

fin del siglo XX ha visto unaexplosión de
información provinente de los seres vivos,
especialmente en biología molecular
 Secuenciación de genomas.
 Secuencia y estructura de proteínas
 Estudios sobre la expresión simultánea de
muchos genes bajo muchas condiciones
diferentes.
 Interacción entre proteínas.
 Millones de drogas.

21/03/2013

Curso de Bioinformatica

Crecimiento de GenBank
(Secuencia ADN)

180

140

160...