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. El 4 de marzo de 2002 asume la Secretaría General del PRI, siendo Roberto Madrazo Pintado el presidente del Revolucionario Institucional. En ese mismo año, empezaba lo que se denominará elprincipio del fin, porque diversos militantes priistas empezaron a señalar a la maestra como una traidora por apoyar las políticas del entonces presidente, Vicente Fox Quesada.
El 19 de julio de 2003 ElbaEsther ocupa por tercera y última ocasión un curul de diputado y, y al regreso del PRI después de la derrota del año 2000. Pero la fractura con el PRI comenzó.
En diciembre de 2003, la maestra Gordilloplaneaba llevar a acabo una reforma fiscal en México, ya que tenía el 48 por ciento de la cámara de diputados federal, pero en noviembre del mismo año 92 legisladores federales exigieron la remociónde Gordillo como coordinadora de la bancada priistas. Un mes después, tras haber negociado con la oposición para aprobar su reforma fiscal, al momento de la votación recibió el desapruebo de buenaparte de los integrantes de su propio partido, lo que generó que la reforma fiscal se detuviera y la figura del dirigente nacional del SNTE se debilitara políticamente. Y es a partir de este momentocuando la separación se hace más profunda y fuerte.
Empezado el año 2004, Elba Esther recibe nuevamente el voto de confianza por parte de los educadores del país llegando a su tercer periodo y cumpliendo15 años al frente del sindicato. Los problemas entre Gordillo, Madrazo y buena parte de los militantes priistas siguieron creciendo hasta llegar al punto en que Elba Esther abandonara su diputación.Fue en este momento cuando la maestra se percató que no podía seguir en un partido político en donde, además de no ser aceptada, empezaba a perder fuerza e influencia política a nivel nacional. Y esasí cuando en 2005, la líder magisterial confirma la relación entre el SNTE y el Partido Nueva Alianza. Lo anterior generó en primera medida, la ruptura de más de 1 millón de agremiados educadores...