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Hoy en día choca, aunque se haya aceptado como un hecho puntual con el paradigma neodarwiniano: la fusión de organismos y la plasmación de esa fusión en el ADN del individuo resultante, choca con latesis neodarwiniana de que la evolución de los organismos y la aparición de nuevas especies tiene su origen en errores en la replicación del ADN (mutaciones aleatorias).

También, la propuesta deMargulis, con las bacterias como agentes activos en un paso tan importante de la evolución, resultó exótica para el evolucionismo de la época, para el que las bacterias habían pasado desapercibidas.Margulis, para apoyar su hipótesis, reunió «gran número de hechos morfológicos, bioquímicos y paleontológicos» El caso que más apoya la teoría de la simbiosis es el referente al origen de los plástidos,las clorofilas de los eucariotas son muy similares a las de las cianofíceas procariotas; además, también son similares ciertos pigmentos accesorios, sobre todo las ficobilinas de las algas rojas(Klein Cronquist, 1967). Además, las células de las cianofíceas y los cloroplastos de las algas rojas contienen unos orgánulos llamados ficobilisomas, que son tan similares en su ultraestructura que casipuede afirmarse que son homólogos (Stanier, 1974). Existen otros ejemplos muy numerosos de simbiosis entre eucariotas heterótrofos y cianofíceas.

Dos géneros de flagelados unicelulares, Glaucocystisy Cyanophora, que tienen núcleos eucariotas típicos, contienen orgánulos fotosintetizadores (o quizá simbiontes) que en algunos aspectos resultan intermedios entre células de algas cianofíceas yplástidos (Schnepf Brown, 1971). Mediante técnicas de hibridación se ha puesto de manifiesto que el DNA del cloroplasto de otro flagelado autótrofo, Euglena, es similar al de las cianofíceas (Pigott Carr,1972). Stebbins, 1980, p. 381}}

Margulis se vio gratamente sorprendida cuando durante los años 1970 su teoría bautizada con el acrónimo SET comenzó a despertar el interés del mundo académico,...