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Restos fósiles de plantas y animales
Estas son las pruebas más convincentes que nos brinda la paleontología, la ciencia de los organismos antiguos que han existido en épocasgeológicas pasadas.
Partiendo de los restos fósiles, se han logrado establecer las etapas fundamentales de la vida en la tierra. Gracias a ello se ha podido seguir, paso apaso, la historia del surgimiento y de la evolución de ciertos grupos de animales.

Prueba embriológica
En todas las especies se encuentran características ancestrales similaresen el desarrollo embrionario, y que desaparecen durante dicho proceso. Por este hecho, Ernst Haeckel enunció en 1866 la teoría de la recapitulación que se resume en: laontogenia es una recapitulación de la filogenia, es decir, la ontogénesis o desarrollo individual, es un compendio de la filogénesis o desarrollo histórico de la especie.

Prueba deAdaptación / Mimetismo
En 1848 se descubrió en Manchester una mariposa (Biston betularia) que mutó al color negro, después de que se hubiese adaptado al ennegrecimiento de lostroncos de abedul producido por los humos de las fábricas. Estas mariposas (originalmente de color blanco) se posaban sobre los troncos con las alas extendidas, siendo fácilmentedetectadas por las aves. El genetista H.B.D. Kettlewell pudo verificar este hecho en 1955; tras liberar mariposas marcadas con colores claros y oscuros, recuperó el doble deoscuras que de claras. Las aves actuaron aquí como agentes de la selección natural. El Mimetismo tiene un mecanismo similar al de la adaptación; mediante esta característica losanimales pueden confundirse para no ser detectados, sea mediante la adopción de ciertas formas, o cambios momentáneos de color de la piel acordes con el entorno.