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La epistemología de John Locke no cree en la existencia del innatismo y el determinismo considerando el conocimiento de origen sensorial, por lo que rechaza la idea absoluta en favorde la probabilística matemática. Para Locke, el conocimiento solamente alcanza a las relaciones entre los hechos, al cómo, no al por qué. Por otra parte cree percibir una armoníaglobal, apoyado en creencias y supuestos evidentes por sí mismos, por lo que sus pensamientos también contienen elementos propios del racionalismo y el mecanicismo. Locke distinguirá tresniveles o tipos de conocimiento: el conocimiento intuitivo, el conocimiento demostrativo y el conocimiento sensible.

Cree en un Dios creador cercano a la concepción calvinista del granrelojero, basando su argumentación en nuestra propia existencia y la imposibilidad de la nada de producir el ser, un Dios tal cual como lo describe el pensador del racionalismoDescartes en el Discurso del método en la tercera parte del mismo. De la esencia divina solamente pueden ser conocidos los accidentes y sus designios solamente pueden ser advertidos a travésde las leyes naturales.

Trata la religión como un asunto privado e individual, que afecta solamente a la relación del hombre con Dios, no a las relaciones humanas. En virtud de estaprivatización el hombre se libera de su dependencia de la disciplina e imposiciones eclesiásticas y sustrae la legitimidad confesional a la autoridad política, puesto que considera queno hay base bíblica para un estado cristiano.

Considera la ley natural un decreto divino que impone la armonía global a través de una disposición mental. reverencia, temor de Dios,afecto filial natural, amor al prójimo, concretada en acciones prohibidas, robar, matar y en definitiva toda violación de libertad ajena, que obligan en favor de la convivencia.