Proteomica

TEMA 1: Introducción 4
1. Introducción histórica a la genómica y “Omics” 4
2. Definciones 5
TEMA 2: Métodos de genómica 6
1. Métodos de genómica y trascriptómica 6
1.1 Determinación antigua del nº de genes mediante el cálculo de mensajeros 6
1.1.1 Metodología del cálculo de mensajeros 6
1.1.2 Zonas GpG en genes 6
1.2 Determinación del inicio de las proteínas 6
1.2.1Determinación en procariotas. Ejemplo: Operón Lac 7
1.2.2 Determinación en eucariotas. Ejemplo: Operones Eucariotas 7
1.3 Determinación del número de “transplicing” 8
1.4 Gel de agarosa en 2D 10
2. ADN arrays – Errores 11
2.1 Errores de secuenciación 11
2.1.1 Errores inducidos por BLAST 11
2.1.2 Anotación transitiva 11
2.1.3 Interpretación errónea 11
2.1.4 Descripción insuficiente 122.1.5 Error de Alias 12
3. Métodos de transcriptómica; Arrays y SAGE 13
3.1 EST’s 13
3.2. Arrays 13
3.2.1 Metodología con cADN 14
3.2.2 Metodología con Oligont sintéticos – Sistema Gene-Chip 14
3.2.3 Ventajas y desventajas microarrays de cADN 15
3.2.4 Ventajas y desventajas microarrays de Oligos sintéticos 15
3.2.5 Aplicaciones de microarrays 15
3.3 SAGE (Serial Análisisof Gene Expresión) 15
3.3.1 Aplicaciones y aportaciones del SAGE 16
TEMA 3: Métodos de proteómica 18
1. Electroforesis 2D 18
1.1 ¿Qué analiza la Electroforesis 2D + Espectro de masas? 18
1.1.1 ¿Qué problemas presenta? 18
1.1.2 Inconvenientes de la Electroforesis 2D 19
2. Secuenciación de proteínas 19
2.1 Técnica DIGE 19
2.2 N-Terómics 19
3. Métodos de Interactómica 20
3.1Co-purificación 20
3.2 Co-sedimentación 20
3.3 Co-localización 20
3.3.1 Microscopía confocal 20
3.3.2 Inmunocroscopía 20
3.3.3 Cross-Linking 20
3.3.4 Doble híbrido Y2H 21
3.3.5 Triple híbrido 21
3.3.6 TAP (Tandem Affinity Chromatography) 22
4. Métodos de análisis de interactoma. Protein arrays 23
4.1 Complementación de fragmentos de proteínas 23
4.2 Surface PlasmonResonance (Biacore) 23
4.3 IF-MS (Intensity Fading-Malditof) 23
4.3 BREF (Bioluminscence Resonance Energy Transfer) 23
4.4 SPA (Scinlillation Proximity Assay) 23
4.5 Protein arrays 24
5. Métodos de identificación bioinformática (Interactómica biocomputacional) 24
5.1 Rosette Stone 24
5.1.1 Reglas de contexto “neighbouring” 24
5.1.2 Perfil filogenético 24
5.1.3 Anclaje “Docking” (demenos a más energía requerida) 24
TEMA 4: Genómica y proteómica funcional 25
1. Determinación de la función proteica biocomputacionalmente 25
1.1 Búsqueda por homología 25
1.2 Búsqueda por motivos funcionales 25
1.3 Modelado 3D 25
2. Determinación de la función proteica experimentalmente 25
2.1 Demostración de la existencia de una proteína 25
2.1.1 Zooblot 25
2.1.2 Uso de Anticuerpos25
2.1.3 Max/minicells 25
2.2 Búsqueda de un gen homólogo en otra especie 25
2.3 Anulación del gen / proteína 26
2.3.1 Knock out/in del gen 26
2.4 Perturbación del sistema 27
2.4.1 Microinyección de anticuerpos 27
2.4.2 ARN sense 27
2.5 Perturbación del sistema II - Gain off of function 29
2.5.1 Sobre-expresión 29
2.5.2 Mutantes dominantes negativos 29
2.5.3Fenocopias 29
2.6 “knockeo” por proteína 29
2.7 Coexpresión 30
2.8 Colateralidad 30
3. Algunos resultados iniciales de la genómica 30
3.1 Resultados generales 30
3.2 Resultados en procariotas 30
3.3 Resultados en eucariotas 30
TEMA 6: Introducción a los genomas 31
1. Genomas secuenciados 31
2. Objetivos del proyecto genoma humano 31
2.1 Organización del genoma humano (32.000 Mb) 32
2.1.1Elementos transponibles 32
2.1.2 Genomas de orgánulos 32
3. Vectores y genotecas 32
3.1 Genoteca 32
3.2 Vectores 33
TEMA 7: Marcadores y mapas 34
1. Marcadores genéticos 34
2. Mapas 34
2.1 Mapa de ligamiento 34
2.1.1 Mapa genético humano 35
2.2 Cartografía mediante restricción en gel electroforético 36
2.3 Mapas físicos de mayor o menor resolución 36
2.3.1 Técnica FISH 36...