Trabajo De Informática Para Biotecnología

INFORME DEL EJERCICIO DE INFORMÁTICA

Míriam Corraliza Gómez Informática Profesor: Luis Antonio Miguel Quintales 1º de Biotecnología Universidad de Salamanca Fecha: 20/1/2012
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1. OBJETIVO Creación de una versión propia en lenguaje Perl del programa "compseq" de la suite EMBOSS, cuya finalidad es calcular la composición de las palabras posibles de distinta longitud en una secuencia y paracada una de ellas dar un contador de ocurrencias, una frecuencia observada, una frecuencia esperada y el cociente de ambas. Además, el programa debe permitir, si se desea, introducir varias opciones: -word: especifica la longitud de las palabras -frame: determina el marco de lectura en el que se cuentan las ocurrencias -nozero: se reportan solo las palabras que aparecen al menos una vez -in: parael cálculo considera como frecuencias esperadas las procedentes de un cálculo previo.

2. ESQUEMA INICIAL (PSEUDOCÓDIGO) El desarrollo del pseudocódigo se fue realizando paso a paso, planteándome los problemas según su aparición, con un diseño top-down desde lo más inmediato como era recibir los parámetros y abrir el fichero, hasta el final que consiste en la presentación de los resultadosobtenidos. Además, en cada fase tuve que decidir si el problema se podía solventar en el propio programa principal o si era conveniente utilizar una subrutina.
Entrada {@ARGV recibe todos los parámetros Asignar a cada parámetro recibido su valor correspondiente Rellenar los parámetros que no hayan sido invocados Parsear el fichero EMBL Sub 2 }

Sub 1

Desarrollo

{Genera todas las posiblescombinaciones según la longitud pedida con –Word Crear un hash cuyas claves sean todas las combinaciones e inicializarlo a 0 Contar las ocurrencias de cada palabra y guardarlas en el propio hash Sub 4 }

Sub 3

Presentación de resultados

{ Visualizar la cabecera del fichero con todos los detalles Sub 5 Visualizar los resultados (que tiene al menos 2 cuestiones a solventar) Sub 6 -Si se hainvocado –nozero, no imprimir las palabras con 0 ocurrencias - Si se ha invocado –in, tomar las frecuencias esperadas de otro archivo Sub 7 }

3.CÓDIGO DEFINITIVO A continuación, se presenta la estructura y el código final del programa principal y del módulo de subrutinas. PROGRAMA PRINCIPAL #Lo primero de todo es invocar las funciones use strict y use warnings, que serán muy útiles en la depuraciónde posibles errores del programa, pues avisan de los fallos y su localización aproximada, por lo que, aunque reportan mensajes un poco crípticos, ayudan. #Además, con use biotecinfo, invocamos el módulo con las subrutinas. use strict; use warnings;

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use biotecinfo; #El primer problema que se presenta es recibir correctamente las funciones que el usuario introduzca por teclado justo despuésdel nombre, las cuales se guardarán en el array especial @ARGV, y discernir cuál es cada una de ellas y su valor. Con esta finalidad se tiene la subrutina comandos, a la cual se pasan todos los parámetros recibidos. my @comandos = @ARGV; my ($word, $frame, $nozero, $in, $infile, $outfile) = comandos (@comandos);

# La subrutina nos devuelve todos los parámetros recibidos en forma de variablesescalares. ## Es necesario comprobar si los parámetros están definidos o no (es decir, el usuario no los ha introducido), pues será necesario conocer esto para el desarrollo del programa. Así: # Si no esta definido $frame, lo definimos con un valor por defecto: 0 if (!$frame) { $frame=0; } # Si no está definido $nozero, quiere decir que no se ha puesto este parámetro, y lo definimos con un valor pordefecto: 0 # En caso de que sí se haya puesto el parámetro -nozero, el valor de $nozero será 1. unless ($nozero) { $nozero=0; } #Si no se ha puesto –in, le asignamos como valor la cadena vacía. unless ($in) { $in=""; } #Si no se ha introducido ningún nombre para que los resultados se guarden en un fichero con dicho nombre, se le asigna el valor “fichero_de_salida_por_defecto”. unless ($outfile)...