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Margulis define a la vida como materia y flujo de energía que puede escoger, que puede modificar su entorno. La vida es un verbo, no un sustantivo, es un proceso de crecimiento que no quiere parar.
Con esto quiere decir que la vida de diversos organismos se dio gracias a la evolución de diversos microorganismos que fueron fusionándose.

La Teoría de la Evolución de Darwin es una construccióncientífica difícil de igualar, con dos características en apariencia contrapuestas pero que constituyen los soportes fundamentales de la ciencia: ofrece un marco explicativo capaz de integrar y de orientar en la adquisición del conocimiento pero a la vez, mantiene la fecundidad de la incógnita.
 
Con la frase: “disfrutamos todos de relaciones silenciosas e inconscientes con microbios” Margulis serefiere a  que el ser humano no es consciente que dentro de nuestro cuerpo existen diversidad de organismos distintos entre sí, por ejemplo: la célula eucariota, la base de la vida compleja, es resultado de la asociación de organismos más primitivos, incluso algunos de los orgánulos celulares –mitocondrias- llegaron de fuera, como revela el hecho de que tengan ADN distinto del resto de la célula.La fusión a nivel microscópico (microbios y sus relaciones ecológicas) condujo a la integración genética y a la formación de individuos cada vez más complejos.
 
Las críticas que realiza Margulis sobre la ciencia moderna es que la misma es peor que la ciencia de antes. La proximidad entre campos científicos como la biología molecular y la bioquímica crea, por ejemplo, un efecto parecido al delOriente Medio: se levantan enormes fronteras entre dos campos que casi estudian la misma cosa. Existe un cierto tribalismo científico que hace que unos no comprendan lo que dicen los otros y dificulta el progreso del saber. Los científicos están encerrados en su dominio y no perciben lo que ocurre fuera de él.
Ella arriesga y se encara con la tendencia dominante para defender que la especiaciónse produce por simbiogénesis. Y además se distancia de una manera de hacer ciencia que, a su juicio ha soslayado investigaciones capitales que habrían permitido dar un vuelco a la Teoría de la Evolución hace ya más de cincuenta años.
Considera que la ciencia es un mundo fragmentado, con saberes en exceso compartimentados, y que esos límites autoimpuestos impiden una visión global,multidisciplinar, que, y más cuando se aborda la evolución, resulta clave para el avance del conocimiento.
Margulis en una de sus obras va más allá de advertir “la terminología de la mayoría de los evolucionistas modernos no es tan solo falaz, sino también peligrosa, puesto que conduce a la gente a creer que entiende la evolución de la vida cuando, en realidad, está confundida y mal informada”, por lo quedesde su perspectiva “gran parte de la terminología de los evolucionistas modernos debería ser descartada”. Descalifica así lo que denomina “engañosas claridades del lenguaje” que nos hace creer que sabemos.

Lo que comenta sobre la hipótesis de Gaia, la idea de la Tierra como un gran organismo que lanzó James Lovelock es que no está de acuerdo en esa visión del planeta como un gran organismo, yaque la Tierra es un gran ecosistema y pese a esta presunción no cree que se pueda salvar el planeta ya que dice ser una visión muy antropocéntrica.
Margulis afirma que resulta muy difícil predecir lo que va a pasar y no se puede anticipar gran cosa sobre el futuro con mucha seguridad. Por ello no es una activista en materia medioambiental.

La Teoría Endosimbiótica (endo significa interno ysimbionte se refiere a la relación de beneficio mutuo entre dos organismos) propuesta por Lynn Margulis explica el origen de algunas organelas eucariontes, especialmente las mitocondrias y los cloroplastos que dieron comienzo a una nueva vida: la vida de un SER EUCARIONTE, DEL REINO EUCARIONTE.
Esta interpretación no es extensiva al origen de la membrana nuclear, la cual se habría establecido a...