filogenia

Filogenia
La filogenia es la historia del desarrollo evolutivo de un grupo de organismos.
La filogenética se ocupa de determinar la filogenia, y consiste en el estudio de las relaciones evolutivas entre diferentes grupos de organismos, utilizando matrices de información de moléculas de ADN y de morfología.2 Con esta información se establecen los árboles filogenéticos, base de la clasificaciónfilogenética. Esta clasificación forma parte de la sistemática, que además también comprende los sistemas de clasificación fenética y clásica o Linneana
La necesidad de descubrir la historia evolutiva de los organismos se inició con la publicación de El origen de las especies por Darwin en 1859. La incorporación de teorías evolutivas en los sistemas de clasificación de los organismos es unproceso que hoy en día aún no está terminado. Un paso crítico en este proceso fue la adquisición de métodos explícitos para hipotetizar relaciones filogenéticas, ponerlas a prueba y verlas reflejadas en las clasificaciones, métodos para los que biólogos como Willi Hennig (entomólogo alemán, 1913-1976), Walter Zimmermann (botánico alemán, 1892-1980), Warren H. Wagner, Jr. (botániconorteamericano, 1920-2000) y muchos otros han hecho valiosos aportes.

Caracteres y estados del carácter [editar]
El primer paso para reconstruir la filogenia de los organismos es determinar cuán parecidos son entre sí en su morfología, anatomía, embriología, moléculas de ADN, etcétera, ya que que en última instancia estos parecidos son un indicador de su parecido genético, y por lo tanto de susrelaciones evolutivas.
La evolución es un proceso muy lento, y en la gran mayoría de los casos nadie la ha visto suceder. Lo que se maneja es una serie de hipótesis acerca de cómo ocurrió la diversificación de los organismos, que desembocó en la aparición de las distintas especies variadamente relacionadas entre sí. Esas hipótesis son las que determinan cómo deberían analizarse los organismos para determinar sufilogenia.
Nosotros en nuestra corta vida sólo vemos este resultado de la evolución, e hipotetizamos que lo que ocurrió fue el proceso que se indica más arriba. Esta hipótesis se puede reflejar en un árbol filogenético, un diagrama que resume las relaciones de parentesco entre los ancestros y sus descendientes
En los inicios de la sistemática, los caracteres utilizados para comparar a los gruposentre sí eran conspicuos, principalmente morfológicos. A medida que se acumuló más conocimiento se empezó a tomar cada vez más cantidad de caracteres crípticos, como los anatómicos, embriológicos, serológicos, químicos y finalmente caracteres del cariotipo y los derivados del análisis del ADN.
Los caracteres correspondientes al ancestro de un grupo de organismos que son retenidos por el grupo sedice que son plesiomórficos (ancestrales), mientras que los que fueron adquiridos exclusivamente por ese grupo , se dice que son sinapomórficos o derivados ("nuevos"). Nótese que sólo la presencia de sinapomorfías nos indica que se ha formado un nuevo linaje, nótese también que en árboles filogenéticos más extensos,
Monofilia, parafilia y polifilia 
Un grupo formado por un ancestro y todos susdescendientes se denomina monofilético, también llamado clado. Al grupo al que se le ha excluido alguno de sus descendientes se lo llama parafilético. Los grupos formados por los descendientes de más de un ancestro se denominan polifiléticos.
Algunos autores sostienen que la diferencia entre grupos parafiléticos y polifiléticos es sutil, y prefieren llamar a estos dos tipos de asemblajes como "nomonofiléticos". Muchostaxones largamente reconocidos de plantas y animales resultaron ser no monofiléticos según los análisis de filogenia hechos en las últimas décadas, por lo que muchos científicos recomendaron abandonar su uso, ejemplos de estos taxones son Prokaryota, Protista, Pisces, Reptilia, Bryophyta, Pteridophyta, Dicotyledoneae, y varios otros más. Como su uso está muy extendido por...