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La contaminacion no ayudaLa Expedición1 se inició en 1783 bajo su dirección y se prolongó durante unos 30 años. Se centró en Santafé y sus alrededores, la laguna de Pedro Palo, la Mesade Juan Díaz, Guaduas, Honda y los alrededores de Mariquita. En la expedición participaron varios comisionados que extendieron su cobertura geográfica. Destaca entre ellos Francisco Joséde Caldas, que recorrió las actuales tierras de Ecuador durante cuatro años, regresando aSantafé en 1808 llevando un extensísimo herbario. Otro de los comisionados fue fray DiegoGarcía, que recorrió el Alto Valle del Magdalena, entre La Palma y Timaná, llegando a la zona de los Andaquíes. Su colección incluyó también una amplio muestrario de fauna y geología. A suvez, Eloy Valenzuela, que había sido subdirector de la Expedición durante su primer año, fue comisionado a Santander. Tuvo que retirarse a Bucaramanga por problemas de salud, donde continuórecolectando.
Esta Expedición resultó ser la más costosa para la Corona de España, y sin embargo fue la que menos publicaciones científicas produjo. No obstante fue decisiva para eldesarrollo de la cultura y la investigación en Colombia. En ella se creó una escuela de dibujo y se contrataron numerosos oficiales de pluma y herbolarios. Las láminas realizadas en laexpedición resultaron ser de excepcional calidad. Entre los dibujantes destacan Salvador Rizo yFrancisco Javier Matís, que fue calificado por Humboldt como el mejor ilustrador botánico delmundo. Años más tarde, el médico y botánico bogotano José Jerónimo Triana contribuyó decisivamente a la determinación de las especies.
Al contrario de lo que sucedió con las láminas,parte del extenso e importante Herbario, trasladado al fin de la Expedición al Real Jardín Botánico de Madrid, ha permanecido prácticamente inédito hasta fechas relativamente recientes.