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Átomo es la parte más pequeña de materia que conserva las cualidades físicas y químicas de un elemento. los átomos están formados (de manera simple) por un núcleo donde se encuentran los protones ylos neutrones, orbitando el núcleo se encuentran los eléctrones y hay tantos electrones como protones se encuentran dentro del núcleo. Hay poco más de 100 elementos, como son el oxígeno, el neón (ungas) el hierro, el cobre, etc. los puedes ver todos juntos en la Tabla Periódica. 
Moléculas son conjuntos de átomos que se unen para formar compuestos, como el agua, los azúcares, etc.
Iones sonátomos cuyas característica físicas y químicas varían debido a una alteración en la cantidad de protones que se encuentran en el núcleo, por ejemplo dos iones del hidrógeno son el deuterio y el tritio,con los que se obtiene el óxido de deuterio y el óxido de tritio, llamados en su conjunto "Agua Pesada"
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Otras respuestas (3)

Molécula, la partícula más pequeña de unasustancia, que mantiene las propiedades químicas específicas de esa sustancia. Si una molécula se divide en partes aún más pequeñas, éstas tendrán una naturaleza diferente de la sustancia original. Porejemplo, una muestra de agua puede dividirse en dos partes, y cada una dividirse a su vez en muestras de agua más pequeñas. El proceso de división y subdivisión finaliza al llegar a la molécula simple deagua, que si se divide dará lugar a algo que ya no es agua: hidrógeno y oxígeno. Cada molécula se presenta independientemente de las demás. Si se encuentran dos moléculas, se suele producir un rebotesin que ocurran cambios fundamentales. En caso de encuentros más violentos se producen alteraciones en la composición de las moléculas, y pueden tener lugar transformaciones químicas. 

Lasmoléculas de los compuestos están constituidas por átomos de los elementos que los forman. Se dice que una molécula es diatómica cuando está compuesta por dos átomos y poliatómica si tiene gran número de...