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Es de planta basilical con 3 naves y 3 ábsides (sólo el del centro es auténtico). A lo largo de los años ha sufrido algunas reconstrucciones parciales incluso en la planta original, que se ensanchó a la altura del cuarto y último arco en una especie de crucero o transepto que se abría sobre una triple cabecera formada por 3 capillas rectangulares y no continuas. Después de la reconstruccióndesaparecieron los ábsides laterales y la planta quedó convertida en un simple rectángulo con la cabecera desfigurada. Aun así es de una gran belleza con su equilibrio de sencilla estructura y su discreto decorado. La espadaña que se observa al exterior es un añadido de los restauradores del siglo XIX.
Puerta exterior: Pura arquitectura visigoda con arco de herradura sobrepasado en 1/3 (el mozárabese sobrepasa en 2/3, el califal en 1/2). El extradós de las dovelas no sigue paralelo al intradós y su espesor es irregular. En la clave está tallada la cruz patada con un clipeus (pequeño escudo con el busto de un dios o personaje), labrada con cuadrifolias simétricas que evocan trabajo de orfebrería tan clásico de los visigodos.
La decoración de las impostas y del extradós de las dovelas tieneidéntico dibujo al que tiene la corona de Recesvinto del Tesoro de Guarrazar; son círculos secantes.
En el interior se pueden ver los arcos visigodos sobre columnas de mármol reutilizadas, de color gris, beige y rosa, con los capiteles ocre amarillo pastel que contrastan junto a los sillares de los muros que son de piedra caliza dura de color beige pálido. De todos los capiteles sólo uno esauténtico corintio romano, el resto son imitaciones que se hicieron en época visigoda. En la clave del arco triunfal se contempla otra vez la cruz patada y encima, una lápida de mármol con la dedicatoria, escrita en exámetros y con un modo expresivo y muy poético. Esta placa está «sujeta» por 4 modillones con esvásticas estilizadas, palmetas y aves. La traducción literal de la lápida de consagraciónsería:
Precursor del señor, mártir Juan Bautista posee esta casa, construida como don eterno la cual, yo mismo, Recesvinto rey, devoto y amador de tu nombre, te dediqué, por derecho propio, en el año tercero, después del décimo como compañero ínclito del reino. En la Era seiscientos noventa y nueve.
La fecha, de la Era Hispánica, de 699, corresponde al año 661, al retardar los 38 años que lahispánica tiene con la actual.
Una escultura de San Juan Baustista, creada en alabastro y datada hacia el siglo XV, es la efigie titular, pero no se localiza en la basílica sino en la iglesia parroquial de San Martín de Tours. Según la tradición fue rota en dos fragmentos por los soldados franceses del general Lasalle en 1808.
En el exterior se puede observar en alto, a la derecha del arco,piezas esculpidas que son los restos decorativos procedentes de otro edificio, o más probablemente, del cancel de piedra que separaba la zona del altar, pues se han hallado fragmentos muy similares. Esta era una costumbre que tenían también los maestros de obras románicos. En el ábside hay una ventana de celosía en piedra, trabajo tradicional visigodo. Todas las celosías actuales del edificio son unarestauración del siglo basándose en trozos de celosías visigodas que aparecieron en los trabajos de restauración.
El templo está rodeado de una cerca de medio metro de altura, en piedra; la cual durante el último siglo han sido añadidas y quitadas sucesivamente verjas de forja. La techumbre es de madera, de factura moderna.
Los alrededores son el característico paraje de El Cerrato palentino:cerros, planicie, campos agrícolas y escasa masa arbórea (en este caso de chopos).s una iglesia visigoda mandada construir por el rey Recesvinto en el año 661 y cuya ceremonia solemne de consagración se cree que fue el día 3 de enero de 661 (Era 699). Se halla situada en un paraje llano de la vega del río Pisuerga cerca de su confluencia con el río Carrión, en la actual provincia de Palencia....