Bioconductor Y Citometria De Flujo

R. Tamarit

Análisis de datos de Citometría de flujo: Aplicaciones de R-Bioconductor

ANÁLISIS DE DATOS DE CITOMETRIA DE FLUJO:
APLICACIONES DE R-BIOCONDUCTOR

Ramón Tamarit Agusti
Enero 2010

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Análisis de datos de Citometría de flujo: Aplicaciones de R-Bioconductor

ÍNDICE

1

CITÓMICA Y CITOMETRÍA DE FLUJO. IMPLICACIONESBIOINFORMÁTICAS.....................................3
1.1
1.2

SOFTWARE PARA ANÁLISIS DE DATOS DE CITOMETRÍA DE FLUJO. ..........................................................................4

1.3
2

BIOINFORMÁTICA Y CITÓMICA ...............................................................................................................................3

ANÁLISIS DE DATOS DE CITOMETRÍA DE FLUJO CON R-BIOCONDUCTOR................................................................4

ANÁLISIS DE DATOS A PEQUEÑA ESCALA CON BIOCONDUCTOR. ..........................................................6
2.1

DESCRIPCIÓN DEL EXPERIMENTO. ..........................................................................................................................6

2.2

EL FLUJO DE TRABAJO BÁSICO................................................................................................................................7

2.3

FORMATO DE LOS DATOS. FICHEROS FCS. .............................................................................................................7

2.4

MANIPULACIÓN BÁSICA DE LOS DATOS..................................................................................................................8

2.5

VISUALIZACIÓN DE LOS DATOS...............................................................................................................................9

2.6

GATING - FILTRADO ...............................................................................................................................................9

2.7

COMPENSACIÓN Y CORRECCIÓNDE FONDO. .........................................................................................................11

2.8

ESCALADO Y TRANSFORMACIÓN ..........................................................................................................................14

2.9

ANÁLISIS DE LOSDATOS.......................................................................................................................................15

2.10

ANÁLISIS AVANZADO DE LOS DATOS. ...................................................................................................................18

3

CONCLUSIONES.......................................................................................................................................................22

4

ANEXO.CÓDIGO R MODIFICADO......................................................................................................................25

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1

Análisis de datos de Citometría de flujo: Aplicaciones de R-Bioconductor

Citómica y citometría de flujo. Implicaciones bioinformáticas

1.1

Bioinformática y citómica

La bioinformática es la aplicación detecnología informática a la gestión y análisis de datos
biológicos. La bioinformática es una “ciencia” interdisciplinar, que requiere el uso o el desarrollo de
diferentes técnicas que incluyen informática, matemática aplicada, estadística, ciencias de la
computación, inteligencia artificial, química y bioquímica para solucionar problemas, analizar datos, o
simular sistemas o mecanismos, todos ellos deíndole biológica y médica, y normalmente (pero no
siempre) a nivel molecular (http://www.ebi.ac.uk/2can/bioinformatics/bioinf_what_1.html ).
El ámbito de aplicación de la bioinformática se centra en solucionar o investigar problemas sobre
escalas de tal magnitud que sobrepasan el discernimiento humano, haciéndose necesaria la utilización
de recursos computacionales. Los principales...