Bioinformatica

Informe n° 1
Hanna Müller Esparza

SCOP
1.- Indica la clase, pliegue y superfamilia (class, fold y superfamily) a la que pertenece esta
proteína.

|Dominio |Clase|Fold |Superfamilia |
|1e4fT01 |85 |171 |3.30.1490 DNA ligasa,dominio 5 |
|1e4fT02 |237 |301 |3.90.640 Actina, cadena A, dominio 4 |
|1e4fT03|7 |84 |3.30.420 Nucleotidiltranferasa, dominio 5 |
|1e4fT03 |172 |198| |
|1e4fT03 |360 |390 ||
|1e4fT04 |199 |236 |3.30.420 Nucleotidil Tranferasa, dominio 5 |
|1e4fT04 |303|359 | |


2.- De acuerdo a lo trabajado en la pregunta anterior, ¿son continuos en lasecuencia los
dominios de esta proteína?.
No son continuos, si no que se encuentran intercalados en la secuencia.

3.- ¿Qué identificadores de dominio pertenecen a la superfamilia 3.30.420.40? ¿Quéfunción
está asociada a esta superfamilia?
Identificadores de dominio 1e4fT03 y 1e4fT04.
Se asocia a la función Nucleotidil transferasa, dominio 5.

4.- Explora en detalle el dominio 1e4fT04. Paraesto realiza una búsqueda en CATH utilizando 1e4fT04 como palabra clave. ¿A qué clase pertenece? ¿Cómo se describe la arquitectura de este dominio?.

Clase: Alfa Beta
Arquitectura: 2-Layer...