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¿Qué es el Alineamiento de secuencia?
El alineamiento de secuencias es una representación y a su vez una comparación entre dos o más secuencias de ADN, ARN o estructuras primarias proteicas para asíresaltar su similitud para indicar relaciones funcionales o evolutivas entre genes o proteínas.
Estas secuencias se describen con letras en filas de una matriz en las que existen espacios para quelas zonas con idéntica o similar estructura se alineen.



En el alineamiento de secuencias proteicas, el grado de similitud entre los aminoácidos que ocupan una posición concreta en la secuencia puedeinterpretarse como una medida aproximada de conservación en una región particular, o secuencia motivo, entre linajes. La ausencia de sustituciones, o la presencia de sustituciones muy conservadas (lasustitución de aminoácidos cuya cadena lateral tiene propiedades químicas similares) en una región particular de la secuencia indica que esta zona tiene importancia estructural o funcional. Aunquelas bases nucleotídicas del ADN y ARN son más similares entre sí que con los aminoácidos, la conservación del emparejado de bases podría indicar papeles funcionales o estructurales similares. Elalineamiento de secuencias puede utilizarse con secuencias no biológicas, como en la identificación de similitudes en series de letras y palabras del lenguaje humano o en análisis de datos financieros.
¿Quées BLAST?
BLAST es el acrónimo de Basic Local Alignment Search Tool. Este fue desarrollado por Altschul en 1990, es el algoritmo más empleado por el NCBI. La principal característica del BLAST es suvelocidad, pudiendo tomar pocos minutos cualquier búsqueda en la totalidad de la base de datos. De hecho, los resultados se presentan en pantalla inmediatamente después de calculados.
El BLAST puedehacer búsquedas en una base de datos no redundante (nr) la cual tiene los registros no redundantes entre las dos bases de datos principales a nivel mundial: GenBank en USA y EMBL (European Molecular...