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Desde 1645 tenían lugar reuniones semanales en Londres de filósofos naturales y científicos de otras áreas del conocimiento, en particular de lo que por aquel entonces se denominaba «Nueva Filosofía»o «Filosofía Experimental», y existen pocas dudas de que estas reuniones filosóficas son las que Robert Boyle llamaba el Colegio Invisible o Colegio Filosófico en su correspondencia en 1646 y 1647.Según John Wallis estas reuniones fueron sugeridas por Theodore Hank, un alemán residente en Londres, y tuvieron lugar principalmente en la residencia de Jonathan Goddard.

Ya desde sus inicios elgrupo tenía sus normas de funcionamiento, se reunía una vez por semana y para evitar que se desviara la discusión de su propósito original estaba prohibido hablar de la divinidad, asuntos de estado oactualidad, limitándose los temas a tratar a la Nueva Filosofía y materias relacionadas —Medicina, Anatomía, Geometría, Navegación, Estática, Mecánica, etc.— y los experimentos.

Durante la segundaguerra civil inglesa (1648–1649), que finalizó con la ejecución de Carlos I, parte del grupo se trasladó a Oxford, donde mantuvo reuniones paralelas a las del grupo de Londres que continuaron en elcolegio Gresham durante el interregno hasta 1658, año del fallecimiento de Oliver Cromwell. Tras la restauración monárquica con el ascenso al trono de Carlos II en 1660, las reuniones se reanudaron enLondres uniéndose a ellas el grupo que había permanecido en Oxford.

La primera reunión tuvo lugar el 28 de noviembre. A ella acudieron William Brouncker, Boyle, Alexander Bruce, Robert Moray, PaulNeile, John Wilkins, Goddard, William Petty, Peter Ball, Lawrence Rooke, Christopher Wren, Abraham Hill. Tras una lectura a cargo de Wren, los asistentes decidieron fundar una Sociedad para la promocióndel Saber Experimental Físico-Matemático, reunirse una vez por semana (los miércoles), establecer una cuota de ingreso de 10 chelines y una cuota semanal de un chelín para sufragar los experimentos,...