curso R

Handouts
Tríptico R

Introducción al uso y programación del
sistema estadístico R

A quick introduction to ESS

´ D´ıaz-Uriarte
Ramon
rdiaz@cnio.es
http://bioinfo.cnio.es/˜rdiaz

´
Unidad de Bioinformatica
´
Centro Nacional de Investigaciones Oncologicas
(CNIO)
´ D´ıaz-Uriarte
Copyright c 2003 Ramon

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Uso y programacion

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Uso y programacion

Programa

"Horario"1a mañana:
Introducción a R
Uso de R con XEmacs + ESS
Objetos en R

Introducción a R
Uso de R con XEmacs + ESS

1a tarde:
Objetos en R
Gráficos en R

Objetos en R
Importación/Exportación de datos
Gráficos en R

2a mañana:
Programación en R
Ejemplos prácticos

Programación en R

2a tarde:
Ejemplos prácticos

Ejemplos prácticos
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Uso y programacion

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Uso yprogramacion

Qué son R y S

Introducción

" R, also known as “GNU S”, is a language and environment for
statistical computing and graphics. R implements a dialect of
the award-winning language S, developed at Bell Laboratories
by John Chambers et al. For newcomers it provides easy
access to a wide variety of statistical and graphical techniques.
Advanced users are offered a full-featured programminglanguage with which to add functionality by defining new
functions." (Del folleto que teneis en las manos).

Qué son R y S
Obtención e instalación de R
Uso de R con ESS y XEmacs
Dos ejemplos con tests de la t y
correlación

" [S] has forever altered the way how people analyze, visualize
and manipulate data" (Association of Computer Machinery
Software System Award 1998 a John Chambers).
Probablemente, Sy R son los dos lenguajes más usados en
investigación en estadística. Otras virtudes en el folletillo.

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Uso y programacion

Qué son R y S (II)

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Uso y programacion

¿Cuánto cuesta R? R es "GNU S"

En pocas palabras, los grandes atractivos de R/S son:
La capacidad de combinar, sin fisuras, análisis
"preempaquetados" (ej., una regresión logística) con
análisisad-hoc, específicos para una situación: capacidad
de manipular y modificar datos y funciones.
Los gráficos de alta calidad (revelaciones de la visualización
de datos y producción de gráficas para papers).
La comunidad de R es muy dinámica (ej., crecimiento en
número de paquetes), integrada por estadísticos de gran
renombre (ej., J. Chambers, L. Terney, B. Ripley, D. Bates, etc).
Extensionesespecíficas a áreas nuevas (bioinformática,
geoestadística, modelos gráficos).

R es la implementación GNU de S.
FIlosofía y objetivos del proyecto GNU: www.gnu.org.
Desarrollar un sistema completo y "libre" (donde "free is free
as in freedom, not free as in beer").
Algunos "GNUs famosos": Emacs, gcc, GNU/Linux, etc.
R se distribuye con licencia GNU GPL o General Public
License (verhttp://www.gnu.org/licenses/gpl.html .)
La GPL no pone ninguna restricción al uso de R. Restringe su
distribución (ha de ser GPL).
R se obtiene por 0 euros en http://cran.r-project.org

Un lenguaje orientado a objetos.
Muy parecido a Matlab y Octave, y con sintaxis que recuerda a
C/C++.

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Uso y programacion

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Uso y programacion

Paquetes adicionales

Obtención e instalación de R
Dependedel sistema operativo, pero todo se puede encontrar en
http://cran.r-project.org/bin.
Windows: bajar ("download") el ejecutable desde
http://cran.r-project.org/bin/windows/base . (por
ejemplo,
http://cran.r-project.org/bin/windows/base/rw1070.exe).
Ejecutar el fichero. Instalará el sistema base y los paquetes
recomendados.
GNU/Linux: dos opciones:
Obtener el R-x.y.z.tar.gz y compilar desde lasfuentes, y
también bajar los paquetes adicionales e instalar. (Buena
forma de comprobar que el sistema tiene development
tools).
Obtener binarios (ej., *.deb para Debian, *.rpm para
RedHat, SuSE, Mandrake).

R consta de un "sistema base" y de paquetes adicionales que
extienden la funcionalidad. Distintos "tipos" de paquetes:
Los que forman parte del sistema base (ej. ctest).
Los que no son parte...