Diapositivas Microbiología. DGGE y TGGE

Departamento de Microbiología
Electroforesis en Gel con
gradiente Desnaturalizante o de
temperatura.
DGGE y TGGE

DGGE : Electroforesis en gel con
gradiente de desnaturalización
Metodologíaque permite la separación de
fragmentos de ADN del mismo tamaño
pero de distinta secuencia. Permite la
caracterización de la diversidad de una
población microbiana sin necesidad de
aislar yestudiar individualmente sus
componentes.

Generalmente se utilizan dos métodos para
crear dicho gradiente desnaturalizante en un
gel: por incremento de concentraciones de
sustanciasdesnaturalizantes dependiendo de
la distancia recorrida en el gel, o por
incremento de la temperatura a través del
tiempo en que los fragmentos van migrando
a través del gel. En éste último caso la
técnicasuele ser llamada por su abreviación
en inglés TGGE.

La técnica es tan sensible que
ajustando convenientemente
las condiciones permite
separar secuencias que difieran
en un único par de bases.TGGE/DGGE

Aplicaciones:
- Estudios de biodiversidad
-Mutagénesis dirigida

Ventajas:
- Permite estudiar poblaciones
naturales completas sin necesidad de
aislar sus individuos, incluyendolas
bacterias no cultivables.

Desventajas:
-Alto coste
-Necesidad de equipos
especiales.

Fundamento:
- Las moléculas de ADN de doble
cadena se detienen en su migración
electroforéticacuando se encuentran
parcialmente desnaturalizadas.
- La desnaturalización de fragmentos de
ADN de doble cadena se produce bajo
distintas condiciones, según la
composición de bases ( coeficientede
G+C)

Composición en bases del ADN:
nº G = nº C
nº A = nº T
- La unión G-C es más estable que
la A-T.
- A mayor coeficiente G+C, se
necesita mayor temperatura o
gradiente químico paradesnaturalizar el ADN.

Proceso de análisis de aguas de un río,
mediante DGGE
Muestra recogida de un
río.

Extracción
 de
 ADN
 
DNA total, incluyendo
DNA microbiano de
especies...