Enunciado I3
Usted cuenta con una serie de archivos en excel que utilizará para ejecutar los scripts de matlab. A continuación se encuentra una breve descripción de ellos.
a) “Matriz.xlsx” :Describe la matriz estequiometrica S, según el modelo metabólico de 47 metabolitos y 44 reacciones del paper "Metabolic and transcriptomic analysis of the oxygen response in Saccharomyces cerevisiaeEC1118 under wine fermentation conditions" Felipe F. Aceituno, Marcelo Orellana,Camila A. Orellana, Elena Vidal2, & Eduardo Agosín.
b) “tasas_promedio_mayo.xlsx”: Describe las tasas deconsumo/producción de los metabolitos en el cultivo, en las distintas porcentajes de suministro de oxígeno al medio (0%,1%,5%,20%)
c) “ErroresExperimentales.xlsx”: Describe los erroresexperimentales para las tasas de consumo/producción de metabolitos en las distintas porcentajes de suministro de oxígeno al medio (0%,1%,5%,20%)
1) Escriba las 44 reacciones a partir de la matrizestequemétrica.
2) Cree un función en Matlab (un macro) llamado "calcularFlujosMetabolicos.m”. Esta función debe calcular el vector de flujos
Dado que la matriz no es cuadrada se debe calcular elvector de flujos metabólicos mediante el método de la pseudo inversa.
A continuación se detalla las especificaciones que debe tener este macro
Inputs
* tm: vector de datosexperimentales a usar en el balance, donde
1=etanol
2=oxígeno
3=glucosa
4=CO2
5=carbohidratos
6=DNA
7=Lipidos Saturados
8=Proteina
9=RNA
10=Succinato
11=Acetato
12=Glicerol13=Escualeno
14=Esteroles
15=Lipidos Insaturados
16=Prolina
Solo como comentario complementario (no es necesario hacerlo), por DEFAULT la lista de datos a usar es[2,3,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16]; (esta es la lista de datos usada en el paper). Se usa esta lista de datos, puesto que al etanol y al CO2 se les asocia un error experimental muy grande
* porcentajeOxigeno: Valores...
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