Estudios de asociación amplio del genoma

Ensayo:
Kruglyak Leonid. The road to genome-wide association studies. Nature Reviews Genetics. Vol 10. Apr.2009. 314-318.

Los estudios de asociación amplia del genoma utilizan cientos de milesde SNPs marcadores y están revolucionando las posibilidades de identificar la influencia genética de los rasgos complejos y las enfermedades comunes. Las primeras estrategias para abordar este tipo deestudios emplearon el mapeo de los desquilibrios de enlace (LD) en el cual se genotipifican unos cientos o miles de marcadores espaciados en millones de bases, en familias con varios parientesafectados. Los marcadores que se segregan en los familiares que presentan la enfermedad, más frecuentemente de lo esperado, son utilizados para localizar el gen causante. Esta técnica ha sido exitosa enencontrar alelos relacionados en todo el genoma, particularmente en los desórdenes monogénicos o de transmisión mendeliana. Sin embargo, estos tipos de análisis han sido menos exitosos en encontrar genesasociados a enfermedades poligénicas y rasgos complejos. Esto es debido, quizás en parte, al poder limitado de la técnica para detectar el efecto de alelos comunes con poca influencia en laenfermedad. Por lo tanto, estos estudios serán más poderosos para detectar alelos raros de alto riesgo con mecanismos de transmisión mendeliano. Los estudios de asociación, por otra parte parecen ser máspotentes para detectar alelos de enfermedades comunes que confieren riesgo moderado. El proyecto internacional HapMap tiene el objetivo principal de identificar grupos adecuados de SNPs que abarquen elgenoma, facilitando en gran medida el acercamiento basado en desequilibrios de enlace (LD). Esencialmente, los marcadores son elegidos basados en 4 criterios: 1) la probabilidad previa de serfuncionales, 2) la correlación con potenciales variantes causales (LD), 3) ser variaciones de tipo “sin sentido” (que producen la trascripción de un aminoácido alternativo) detectadas por secuenciación del ADN...