Examen Parcial Proteinas
Páginas: 3 (679 palabras)
Publicado: 18 de marzo de 2013
Examen Parcial
1. Identifica a qué tipo de fragmento de anticuerpo pertenece la siguiente secuencia: (10
puntos)
>Seq ID 1
DILLTQSPAILSVSPGERVSFSCRASQFVGSSIHWYQQRTNGSPRLLIKYASESMSGIPSRFSGSGSGTDFTLSINTVESEDIADYYCQQSHSWPFTFGS
GTNLEVKSGGGGSGGGGSGGGGSEVKLEESGGGLVQPGGSMKLSCVASGF
IFSNHWMNWVRQSPEKGLEWVAEIRSKSINSATHYAESVKGRFTISRDDS
KSAVYLQMTDLRTEDTGVYYCSRNYYGSTYDYWGQGTTLTVS
La secuenciaque se tiene pertenece a un anticuerpo de tipo scFv, esta consta de las siguientes partes: la cadena ligera o VL marcada con amarillo, el linker marcado con azul y la cadena pesada o VH marcada converde.
2. ¿Qué organismo fue inmunizado para generar el anticuerpo? (10 puntos)
De acuerdo al template del que se baso el modelo PDB se determino que el organismo inmunizado para generar elanticuerpo fue un ratón hogareño (Mus musculus)
3. A partir del modelo PDB que se anexa (PDB 1), identifica y marca los posibles CDRs, indicando el método seleccionado y la razones por las que considerasque es confiable tu selección. Marca con un color distinto cada CDR y proporciona la información correspondiente. (30 puntos)
En la carpeta se anexa el PDB con los CDR de la siguiente manera:H1VAS GFIFSNHWMN, H2 A EIRSKSINSATHYAESVK y H3SR NYYGSTYDY (orange, yellow & green)
L1: RASQFVGSSIH, L2 YASESMS y L3 QQSHSWPFT (purple, hot pink & magenta)
El método seleccionado paradeterminar los CDR se baso en un método encontrado en la siguiente página: http://www.bioinf.org.uk/abs/, un método que se usa a partir de predicciones por medio de denotar en la secuencia residuoscomúnmente encontrados antes y después de los CDR en las cadenas pesada y ligera, esto lo hicieron a base de hacer interacciones entre varios anticuerpos y antígenos del cual se analizaba el contacto y latopografía del sitio de unión. Esto de igual manera se reviso al ver en los resultados del blastp realizado en la página de http://blast.ncbi.nlm.nih.gov que la mayoría de los resultados variaban en...
1. Identifica a qué tipo de fragmento de anticuerpo pertenece la siguiente secuencia: (10
puntos)
>Seq ID 1
DILLTQSPAILSVSPGERVSFSCRASQFVGSSIHWYQQRTNGSPRLLIKYASESMSGIPSRFSGSGSGTDFTLSINTVESEDIADYYCQQSHSWPFTFGS
GTNLEVKSGGGGSGGGGSGGGGSEVKLEESGGGLVQPGGSMKLSCVASGF
IFSNHWMNWVRQSPEKGLEWVAEIRSKSINSATHYAESVKGRFTISRDDS
KSAVYLQMTDLRTEDTGVYYCSRNYYGSTYDYWGQGTTLTVS
La secuenciaque se tiene pertenece a un anticuerpo de tipo scFv, esta consta de las siguientes partes: la cadena ligera o VL marcada con amarillo, el linker marcado con azul y la cadena pesada o VH marcada converde.
2. ¿Qué organismo fue inmunizado para generar el anticuerpo? (10 puntos)
De acuerdo al template del que se baso el modelo PDB se determino que el organismo inmunizado para generar elanticuerpo fue un ratón hogareño (Mus musculus)
3. A partir del modelo PDB que se anexa (PDB 1), identifica y marca los posibles CDRs, indicando el método seleccionado y la razones por las que considerasque es confiable tu selección. Marca con un color distinto cada CDR y proporciona la información correspondiente. (30 puntos)
En la carpeta se anexa el PDB con los CDR de la siguiente manera:H1VAS GFIFSNHWMN, H2 A EIRSKSINSATHYAESVK y H3SR NYYGSTYDY (orange, yellow & green)
L1: RASQFVGSSIH, L2 YASESMS y L3 QQSHSWPFT (purple, hot pink & magenta)
El método seleccionado paradeterminar los CDR se baso en un método encontrado en la siguiente página: http://www.bioinf.org.uk/abs/, un método que se usa a partir de predicciones por medio de denotar en la secuencia residuoscomúnmente encontrados antes y después de los CDR en las cadenas pesada y ligera, esto lo hicieron a base de hacer interacciones entre varios anticuerpos y antígenos del cual se analizaba el contacto y latopografía del sitio de unión. Esto de igual manera se reviso al ver en los resultados del blastp realizado en la página de http://blast.ncbi.nlm.nih.gov que la mayoría de los resultados variaban en...
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