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La organización del programa genético del VIH es aún más compleja. Existe en el extremo de los genes una orden de su expresión cuya regulación es múltiple: depende a la vez de genes víricos, denominados de regulación, y de genes celulares.
En general los retrovirus tienen necesidad, para integrar su provirus en el ADN celular, de que ese ADN esté en vía de replicación, y la célula en fase demultiplicación activa.
El VIH no tiene necesidades tan estrictas; puede integrar su ADN provírico en los cromosomas de los linfocitos T4, incluso si éstos no se están multiplicando. Basta solamente con que estén en una fase preparatoria, denominada de activación. De hecho, en el sistema inmunitario, la mayoría de los linfocitos, en particular aquellos que circulan en la sangre, están en una fase dereposo total. El VIH puede penetrar en ellos, comenzar la transcripción inversa de su ARN en ADN, pero ese ADN no es transportado al núcleo, sino que muere allí mismo. Por el contrario, si el linfocito es activado, por ejemplo, por un antigén específico, puede tener lugar la integración del ADN provírico y es posible su expresión en ARN mensajero y en proteínas víricas. Algunas proteínascelulares, sintetizadas solamente en los linfocitos activados, pueden efectivamente activar por sí mismas la orden de expresión de los genes del virus.
Un primer gen de regulación del virus, denominado tat, resulta esencial. Codifica una pequeña proteína que, al fijarse en los ARN mensajeros del virus, conseguirá su síntesis total en un porcentaje muy importante. La célula va a sintetizar así, en sunúcleo, millares de copias de los mensajeros víricos.
Otro gen de regulación, denominado rev, permite el transporte de algunos de estos ARN mensajeros del núcleo al citoplasma; dirigen la síntesis de las proteínas víricas. Si rev no funciona, sólo pasan del núcleo al citoplasma los ARN mensajeros que codifican las proteínas de regulación del virus, que sólo son así fabricadas, mientras que los ARNmensajeros que codifican las proteínas de estructuras quedan bloqueados en el núcleo.
Otra proteína de regulación, nef, tiene un papel aún más sutil. Si se sintetizan nuevas partículas víricas, tienden a fijarse en los receptores T4 de la célula aún disponibles; así, la célula es reinfectada perpetuamente. La cantidad de material vírico es tal que la célula no puede soportarla y muere muy deprisapor un proceso de apoptosis que describiremos más adelante.
Finalmente, se produce la paradoja: cuanto más deprisa muere la célula, menos virus produce; por el contrario, si no muere, produce mucho más virus. Ahora bien, precisamente, el virus ha «inventado» el gen nef; que codifica una proteína capaz de impedir el reciclaje de los receptores T4 en la superficie del virus. La célula que no presentaya ese receptor no puede volver a ser infectada; por ello, no muere tan deprisa y produce más virus. Existen igualmente otros «pequeños» genes de regulación, que tienen su utilidad, pero cuyas funciones aún son mal comprendidas (vif, vpr, vpx, etc.).
No existen dos VIH idénticos. Ese fenómeno se debe al hecho de que la transcriptasa inversa comete errores en una proporción enorme. En general,las enzimas de replicación causan algunos: por ejemplo, la del ADN celular se equivoca una vez de cada mil millones. La transcriptasa inversa, por su parte, comete un error una vez de cada diez mil. El ciclo de replicación del virus es muy rápido y el medio celular no contiene todos los compuestos necesarios para la síntesis de las proteínas. La enzima se equivoca porque no dispone de buenosmateriales. Se puede comparar esa situación con la de una impresora a la que le faltaran ciertas letras del alfabeto para imprimir un título: al no disponer de la «a», utilizaría, por ejemplo, la «b». A esto hay que añadir que el programa genético del VIH no dispone de un sistema de corrección de los errores como existe en el caso del ADN celular.
Los errores se cometen al azar, pero sólo persisten...