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La Secretaría de Justicia y Derechos Humanos de Honduras es la institución del poder ejecutivo con la capacidad de orientar técnicamente a los funcionarios del poder ejecutivo e instituciones del Estado para que enmarquen su comportamiento y actuación en el más estricto respeto a los derechos humanos, adecentando sus prácticas, revertiendo situaciones y mejorando la condición de vida de laspersonas por medio de la realización de planes, programas y proyectos sobre derechos.
 Función del Poder Judicial
En principio señalar que uno de los poderes del Estado es precisamente el poder judicial el cual por mandato constitucional tiene la facultad de juzgar en la vía ordinaria, contenciosa y contenciosa-administrativa y la de hacer ejecutar lo juzgado. Con lo ya expresado es correctopreguntarse si el Poder es un operador de justicia, o más bien es el poder encargado de Administrarla como tal.
Las discusiones conceptuales, seguirán, sin embargo la administración de justicia delega sus funciones a dicho poder del Estado; el cual tiene sus funciones enmarcadas en la Constitución Política del Estado como se dijo.
Juzgar en la vía ordinaria, contenciosa y contenciosa administrativaimplica aplicar el derecho y la norma sustantiva por medio de la norma procesal.
Por lo mismo su función implica uno de los pilares fundamentales de un Estado de Derecho.

II.2.- Organización del Poder Judicial
Según la Constitución Política del Estado el poder judicial se ejerce y esta conformado por: 1)la Corte suprema, 2)las cortes superiores de distrito, 3)los tribunales y jueces de instanciay los demás tribunales y juzgados que establecen la ley. 4)El Concejo de la judicatura también forma parte de la organización del poder judicial como órgano administrativo y disciplinario del mismo.
Con la implantación del nuevo sistema penal los ciudadanos han pasado a ser parte de la estructura y organización del poder judicial convirtiéndose en administradores de justicia al ser nombradosjueces ciudadanos en los tribunales de sentencia.
Jerárquicamente es la Corte Suprema de Justicia el máximo tribunal de justicia ordinaria, contenciosa y contenciosa administrativa del País; seguida por las Cortes superiores de distrito y los demás jueces de instancia.
El tribunal constitucional es parte del Poder judicial y administra justicia?.
Equivocadamente se cree que el tribunalconstitucional es parte del poder judicial y administra justicia lo cual es errado ya que es un órgano extrapoder que es independiente y no pertenece a ningún poder del Estado.
 Función del Ministerio Público
El ministerio público no es parte del poder judicial como erróneamente se cree; es un órgano cuya función y finalidad promueve la acción de la justicia, defiende la legalidad y los intereses delEstado y la sociedad. Es decir representa al Estado y a la sociedad en el marco de la ley.
Promueve la acción penal pública siendo el director funcional de los hechos delictivos; por tanto ejercita el poder de castigar del Estado conocido como ius puniendi. A tal fin ejerce sus funciones a través de los fiscales que están organizados mediante el principio de unidad funcional. Por lo mismo se estableceque el ministerio publico es único; siendo este uno de sus pilares fundamentales.
Todas estas características convierte al ministerio en un verdadero operador de justicia pero no administrador de la misma; función delegada exclusivamente al poder judicial. Más específicamente el misterio público realiza lo que se conocía en el sistema antiguo: las diligencias de policía judicial.
El nuevosistema penal ha dotado de una facultad amplia y discrecional de investigación al ministerio público a través de los fiscales, teniendo incluso a nombre del Estado la facultad de conciliar y dejar de prescindir de la acción penal pública con las llamadas salidas alternativas al proceso, adoptando Bolivia conceptos modernos de derecho procesal penal en los cuales el derecho de castigar del Estado (...