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Para establecer un gobierno civil en la Nueva Granada, una Real Audiencia fue creada en Santafé entre 1548-1549, un cuerpo que combinaba la autoridad ejecutiva y judicial, hasta cuando unapresidencia o gobernador fue establecido en 1564, asumiendo poderes ejecutivos. En este punto, la Nueva Granada era considerada una Capitanía General del Virreinato del Perú. La jurisdicción de la RealAudiencia se fue extendiendo con el tiempo sobre las provincias circuncidantes que se iban constituyendo alrededor del territorio correspondiente a la Nueva Granada.
La Tributación colonial, a pesar de serasfixiantemente centralizada, era regulada por las regiones, lo que conducía a abusos de las autoridades locales.

Los impuestos se dividían en dos grupos, los impuestos sobre el comerciotransatlántico, compraventa y las rentas, sobre los de bienes de consumo y los eclesiásticos.

En el plano del comercio transatlántico, el principal impuesto era el Almojarifazgo, tanto por ciento cobrado porlas Aduanas de las Gobernaciones a razón de los productos que entraban o salían a territorios del imperio, o que se comerciaban entre puertos dentro de él. El Almojarifazgo era determinado por cadaDirector de Aduana, o Almojarife en cada zona. Cada Aduana, usualmente exigía impuestos conexos al Almojarifazgo exigida por la corona; estas exigencias, obedecían a los intereses personales de lasélites hacendadas, que querían defender sus productos de la competencia española o de otras regiones. Con la llegada del virreinato, que afianzó la centralización, y las relaciones de mando con lapenínsula, estos impuestos conexos al Almojarifazgo fueron desapareciendo, pues eran castigados con la democión y posiblemente, un juicio, el cual usualmente fallaba en contra del acusado. Si la Aduana exigía alos comerciantes marítimos el Almojarifazgo, los contratos de compra y venta de mercancías, ya sean importadas desde España o producidas en las colonias tenían que pagar el sello de Alcabala...