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BASES DE COTIZACIÓN 
Para efectos del IMSS el salario base de cotización (SBC) se integra con los pagos hechos en efectivo por cuota diaria, gratificaciones, percepciones, alimentación, habitación, primas, comisiones, prestaciones en especie y cualquier otra cantidad o prestación que se entregue al trabajador por su trabajo (art. 5-A, fracción XVIII LSS).
Tratándose de la Ley del ISSSTE, setoma en cuenta el sueldo básico de acuerdo con el tabulador regional señalado para cada puesto (art. 17 LeyISSSTE).Otra diferencia importante en cuanto a las bases de cotización es el límite superior, porque para efectos del IMSS es de 25 veces el salario mínimo general del DF, para los trabajadores del Estado es de 10 veces el salario mínimo mensual vigente en el DF (arts. 28 LSS y 17 Ley ISSSTE).PAGO DE CUOTAS Y APORTACIONES
Las cuotas obrero-patronales del IMSS se causan por mensualidades vencidas, en cambio el entero de las cuotas, aportaciones y descuentos de los trabajadores sujetos a la Ley del ISSSTE es por quincenas vencidas(arts. 39LSS y 21 Ley ISSSTE).
Si el IMSS o el ISSSTE determinan diferencias entre las cuotas enteradas y las que se debieron enterar, requerirán al patrón oa la dependencia del gobierno, según se trate, el pago de las cantidades omitidas más las actualizaciones y recargos correspondientes (arts. 40-A LSS y 22 Ley ISSSTE).Adicionalmente, en este caso las dependencias y entidades sujetas a la Ley del ISSSTE deben cubrir intereses moratorios, desde la fecha en que se hicieron exigibles, a razón de 1.25 veces la tasa de los Certificados de la Tesoreríadela Federación con vencimiento a 28 días.
COMPENSACIÓN DE PAGOS HECHOS EN EXCESO
A diferencia del Seguro Social, la figura de la compensación sí está permitida para efectos del ISSSTE sólo cuando las Dependencias y Entidades realicen el pago de cuotas y aportaciones en exceso, excepto tratándose del Seguro deRetiro, Cesantía en Edad Avanzada y Vejez pues el excedente no se puede revertir (art.26 Ley ISSSTE).
RÉGIMEN OBLIGATORIO
Los trabajadores inscritos al IMSS y al ISSSTE están protegidos por un Régimen Obligatorio y otro Voluntario, cuyas características más significativas son: 
Seguro Social,
Los Seguros de: Enfermedades y Maternidad, Riesgos de Trabajo, Invalidez y Vida ,Retiro, Cesantía en Edad Avanzada y Vejez, y Guarderías y Prestaciones Sociales
ISSSTE:
Seguros de: Salud, Riesgos de Trabajo ,Retiro, Cesantía en Edad Avanzada y Vejez, e Invalidez y Vida prestaciones y servicios de: préstamos:
hipotecarios y financiamiento en general para vivienda ,personales ordinarios, especiales, para adquisición de bienes de consumo duradero y extraordinarios para damnificados por desastres naturales, y servicios sociales y culturales


PRESTACIONES
En ambos regímenes seotorgan prestaciones similares, únicamente cambian los nombres de los Seguros, es decir, el Seguro de Salud con que cuentan los trabajadores al servicio del Estado protege las mismas contingencias que el de Enfermedades y Maternidad de los inscritos en el IMSS y, por otro lado, las prestaciones y servicios comprendidos en el Régimen Obligatorio del ISSSTE son parecidos a los beneficios del Segurode Guarderías y Prestaciones Sociales con que cuentan los trabajadores inscritos en el Seguro Social.
A continuación se detallan las diferencias más significativas de todos los Seguros:
Seguro de Enfermedades y Maternidad (IMSS) y de Salud (ISSSTE)
La diferencia sustancial entre estos Seguros se encuentra en el monto del subsidio que se paga al trabajador cuando se encuentra incapacitado poruna enfermedad que no constituye un riesgo de trabajo, ya que mientras que el Seguro Social paga al incapacitado el equivalente al 60% de su último salario base de cotización (SBC) a partir del cuarto día de su incapacidad, siempre y cuando tenga cubiertas por lo menos cuatro cotizaciones semanales anteriores a la enfermedad, el ISSSTE otorga al trabajador incapacitado una licencia de15 a 60 días...