Modelamiento molecular

Introducción al modelamiento molecular con ArgusLab
1. Conseguir Arguslab
ArgusLab es un software gratuito de modelamiento molecular bajo plataforma Windows. Para conseguir una copia de uso personal, diríjase a la dirección electrónica www.arguslab.com/download.htm

2. Instalar Arguslab
Síganse las instrucciones del asistente de instalación correspondiente

3. Construcción de modelosmoleculares en ArgusLab
Modelo #1: Alcohol propargílico (2-Propin-1-ol)
El alcohol propargílico es un líquido soluble en agua, etanol y benceno. Es moderadamente volátil y se le sospecha actividad carcinogénica. Algunos de sus usos industriales son como materia prima para la fabricación de ciertos fármacos y agroquímicos, y además como estabilizador de solventes en pinturas y aditivo inhibidor de lacorrosión

Al abrir ArgusLab, Ud. deberá tener una ventana con fondo negro (la ventana molecular) para poder trabajar en la construcción de una nueva molécula. Si no aparece ninguna, entonces vaya al menú “File” y presione “New”. Al aparecer la ventana negra, no haga click sobre ella todavía. Ud. deberá observar que aparecen opciones adicionales en el menú. Además, es evidente la presencia dedos filas de botones. En la segunda fila, asegúrese de que los dos iconos que contienen un lápiz se encuentren presionados (en bajo relieve): • El ícono que contiene un lápiz y un punto es el que se emplea para dibujar nuevos átomos • El ícono que tiene un lápiz y un hexágono es el que activa o desactiva la herramienta Builder. Cuando se haya activado la herramienta Builder, deberá ser posible veruna ventana de color plomo (la ventana Builder) con una serie de botones a la izquierda de la ventana molecular. En la ventana Builder, la pestaña “Atoms” deberá aparecer como activa y en ella se deberá notar que el botón

© Ph.D. Francisco Tarazona Vasquez

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correspondiente al carbono aparece seleccionado por defecto (los costados derecho e inferior de este botón aparecerán sombreadosindicando esto). Si a este punto, se ha hecho todo correctamente, se deberá notar un rótulo “C (tetrahedral)” en letras de color amarillo al poner el cursor sobre la ventana molecular. Ahora observe la ventana Builder: la pestaña “Atoms” deberá seguir apareciendo como activa. Desplaze el cursor hacia la ventana Builder, ubíquelo sobre la sección “Geometry” y haga click izquierdo sobre la opción“linear”. Luego, coloque el cursor sobre la ventana molecular. Se deberaa notar el rótulo del cursor ahora dice “C (linear)”. Haga click derecho una sola vez en dicha ventana y habrá dibujado el primer átomo de carbono. Desplace el cursor ligeramente hacia la derecha de este átomo y vuelva a hacer click derecho una sola vez. Un segundo átomo de carbono se habrá dibujado. Ahora desplace el cursor a laventana Builder: la pestaña “Atoms” deberá aparecer seleccionada. Si no es así, selecciónela. Luego, vaya a la sección “Geometry” y haga click izquierdo sobre la opción “tetrahedral”. Seguidamente, coloque el cursor sobre la ventana molecular –note que esta vez el rótulo del cursor vuelve a decir “C (tetrahedral)”. Ubique el cursor ligeramente a la derecha del segundo atomo dibujado y haga clickderecho una sola vez. El tercer átomo de carbono se habrá dibujado. Luego, desplace el cursor hacia la ventana Builder y haga click izquierdo sobre el boton que tiene la letra “O” (símbolo del oxígeno). Después, ubique el cursor sobre la ventana molecular ligeramente a la derecha del tercer atomo antes dibujado (el cursor deberá decir “O (tetrahedral)”). Haga click derecho una sola vez. Se habrádibujado al átomo de oxígeno. Ahora, haga click izquierdo en algún área libre de la ventana molecular para deseleccionar los átomos. Acto seguido, mueva el cursor hacia la segunda fila de botones y ubíquelo encima del ícono que tiene una flecha amarilla apuntando hacia la esquina superior izquierda (se deberá leer “Set mode to ‘selection’ for right mouse button”). Ahora, haga click izquierdo a este...